Tillägnad min fantastiska familj
Den här avhandlingen handlar om proteiner och hur man på olika sätt kan studera dem. Proteiner finns i alla våra celler och har där livsviktiga uppgifter. Proteiner ser till att cellerna håller ihop, de ser till att syre trans-porteras genom blodet och de ser till att vi kan ta kål på bakterier och virus som kommer in i kroppen. Bara för att nämna några exempel. Proteinerna produceras i en process som kallas translation och det är gener i vårt DNA som bestämmer hur ett protein ska se ut. Människans DNA blev kartlagt 2001 och idag vet vi alltså vilka gener vi har och därigenom vilka proteiner som kan produceras. Detta betyder dock inte på något sätt att vi vet vad alla proteiner har för funktion. Denna frågeställning studeras i det forsk-ningsområde som kallas proteomik.
Proteomiken kan delas upp i två olika delar: masspektrometri (MS)-baserad proteomik och affinitetsproteomik. I MS-baserad proteomik analyserar man proteiner genom att bestämma deras massa och man tittar oftast på pep-tider, det vill säga mindre delar av proteiner som man kan få fram genom att klippa sönder ett protein med ett enzym. Detta gör man helt enkelt
för att de blir lättare att detektera då. I affinitetsproteomik använder man affinitetsmolekyler, oftast antikroppar, som kan binda till det protein man är intresserad av för att på så vis kunna detektera det. Jag har i min forskning använt mig av baserad proteomik men även en kombination av MS-baserad och affinitetsproteomik. Målet med forskningen som presenteras i denna avhandling var att utveckla metoder för att kunna analysera och kvantifiera många proteiner parallellt. Jag har till exempel jobbat med MS-baserade metoder för att kunna kvantifiera proteiner i olika celler. Ett prob-lem när man vill analysera proteiner med MS är att det finns för mycket andra proteiner i lösningen som stör. Ett sätt att lösa detta problem är att använda antikroppar som kan fiska ut de proteiner man är intresserad av. Antikroppar har en viktig roll i vårt immunförsvar där de binder till proteiner på ytan av bakterier och virus. Detta signalerar till resten av immunförsvaret att bakterien eller viruset är en inkräktare som då kan tas om hand av olika immunceller. Antikropparnas roll är alltså (bland annat) att binda starkt till andra proteiner. Man kan idag producera antikroppar som binder till det protein man vill (målproteinet) genom att utnyttja immunförsvaret. Detta görs i stor skala i proteinatlas-projektet (HPA) genom att immunisera ka-niner med mänskliga proteinfragment. Jag har använt antikroppar för att fånga målprotein från ett cellysat (proteiner som kommer ut i lösning när man slår sönder ett cellprov). MS användes sedan för att kontrollera vad som hade bundit till antikropparna. I ett annat projekt användes en lik-nande strategi men här var det peptider (delar från sönderklippta proteiner) istället för proteiner som fiskades ut av antikroppar. Jag har även jobbat med att utveckla metoder som kan användas inom HPA-projektet för att förenkla flödet för proteinproduktion och proteinrening.
Sammanfattningsvis bygger denna avhandling på utvecklingen av olika metod-er för parallell analys av proteinmetod-er. Metodmetod-erna har bland annat använts för att kvantifiera proteiner i olika celler och för att undersöka till vilka proteiner olika antikroppar binder. Det slutliga målet är att öka förståelsen för hur olika proteiner fungerar och interagerar med varandra och att kunna identi-fiera vilka proteiner som är kopplade till olika sjukdomar. Förhoppningsvis kommer denna avhandling att kunna bidra till detta.
Acknowledgements
So now you’ve reached the last part of my thesis. I had such a great time working on the different projects and I have so many people to be grateful to for this. Both people involved in the projects but also people who have supported me in other, less research-related, ways and people who have just made me smile when I have needed it the most.
Sophia, min underbara huvudhandledare och förebild. Jag är så glad att jag fått spendera de senaste åren med dig. Du har lärt mig så otroligt mycket, inte bara om forskning, utan även om hur viktigt det är att tro på sig själv och stå på sig. Tack för att du alltid ser lösningar på alla problem och för att du alltid peppar och uppmuntrar. Tack för att du tar dig tid och alltid finns där även fast du egentligen har tusen andra viktiga saker att göra. Tack också för att du gett mig så mycket frihet och låtit mig utvecklas.
Tack till min bihandledare Thomas för spännande samarbeten kring ISET och roliga möten med gott godis. Tack vare dig har jag fått uppleva något annat än bara KTH, vilket har varit otroligt lärorikt och framförallt riktigt kul.
Jenny OT, även fast det inte står på papper, känner jag att du verkligen har varit en handledare för mig. Du har alltid tid för frågor och funderingar och kommer alltid med kloka råd. Det har verkligen varit lärorikt att jobba med dig. Du gör inget halvhjärtat, vilket jag verkligen beundrar. Tack för alla diskussioner och pekskrivande.
Tack Mathias för att du är en sådan inspirationskälla och startar projekt som HPA. Tack också för att du vågade satsa på MS-kvantifiering med tunga PrESTar på KTH fast det var något helt nytt för oss.
Till alla övriga PIs på plan3, både nya och gamla, vill jag också rikta ett jättestort tack. Tack för alla kloka ord och för att ni värnar om arbetsmiljön och inser att det blir bättre forskning när alla hjälps åt (och ses för att dricka öl ihop).
Tack till Knut och Alice Wallenbergs stiftelse samt PIEp/Vinnova för finansiering.
Tack till alla som jag samarbetat med i projekten under åren. Hanna T och Louise, ni välkomnade mig in i EnBase-projektet när jag var helt ny doktorand. Tack för alla härliga stunder med filterplattor och reningar! Tack också Louise för att du introducerade mig till MS-världen. Thank you Kaisa and the rest of the EnBase R team for nice collaborations.
Belinda och Simon, efter många finjusteringar lyckades vi äntligen få rob-otarna att göra som vi ville och vi lyckades automatisera ISET-protokollet. Tack för många häftiga och lite nördiga ISET-filmer. Ett speciellt tack till dig Belinda för allt knasigt vi haft för oss nere hos er på LTH. Hydrofobpennor och häftmassa skulle jag tidigare inte associerat med forskning, men tänk så fel jag hade. Tack också för roliga samarbeten, kurser och konferenser. Tack Henrik J och Janne för MS-stöd i många av projekten. Tack för all hjälp med MS-prover och svar på frågor och för att MS-kön kunnat modifieras lite vid behov. Tack Erik M för alla timmar du suttit vid min dator och programmerat. Utan din hjälp hade det inte blivit så mycket MS-data. Tack Frida för cellodling och Anna Bä och Hanna T för roligt labbande ihop vid produktion av tunga PrESTar. Fredrik och Björn, vad kul det var att äntligen få några att prata MS med. Tack för alla diskussioner om tunga PrESTar och MS-instrument. Tack till projektledarna Sophia, Thomas, Jenny OT och Mathias som styrt projekten i mål. Tack även till Sophia, Thomas, Jenny OT, Janne och Margareta för värdefulla kommentarer till min avhandling.
Thank you Marlis and Matthias for nice collaborations and thank you Marlis for taking such good care of me during my visit in Munich. I had a
wonderful time and learnt so much.
För nästan 6,5 år sedan började jag som sommarjobbare i MolBio-gruppen i HPA. Tack Anja för att du anställde mig och tack Holger, Marica, Bahram, Anna S, Jenny F, Mehri, Malin och Lili för en rolig tid med mycket racklingar och sekvensning.
Tack Johan N för en fantastisk tid under mitt exjobb. Det finns ingen mer pedagogisk och positiv handledare än du. Tack även Elin och Anna JP för all hjälp på Affibody under exjobbet.
Jag är otroligt tacksam att ha fått vara en del av en fantastisk forskargrupp med många kloka och fina människor. Tack Sophia för alla resor till Måla och tack alla nuvarande och gamla medlemmar i gruppen, Hanna T, Jenny OT, Micke, Sarah L, Sara K, Emma F, Johan N, Mattias, Anna K, Cajsa, Tove A, Johanna S och alla exjobbare för alla roliga stunder på frukostar och middagar.
Alla härliga tjejer i proteinfabriken som haft hand om MS-instrumenten på ett eller annat sätt, Kattis, Anne-Sophie, Anneli H, Anna Be och Jenny B. Tack för alla roliga, mindre roliga och frustrerande timmar vid instrumenten. Det finns ingen större glädje än när man meckat ihop ESIn helt på egen hand.
De fina exjobbare jag fått äran att handleda under åren, Sara K, Erik F och Jessica. Tack för att ni varit så motiverade och roliga att jobba med. Jag tror att jag lärde mig minst lika mycket som ni.
Tack till alla nuvarande och gamla rumskamrater, Sara K, Micke, Erik F, Greg, Linnea, Josefine, Wasil, Prem och Staffan för mysig gemenskap med skratt och diskussioner. Tack Micke och Erik F för att ni alltid finns där för att hjälpa till med alla tänkbara datorproblem.
Tack alla fina plan3-tjejer som styrt upp stickjuntor, tjejmiddagar och an-nat skoj. Tack gamla och nuvarande medlemmar i beer foundation för god öl och roliga tillställningar i lunchrummet. Tack till alla Bio05-or på avdel-ningen som hängt ihop i snart 10 (!) år. Hanna L, Lisa, Filippa, Magnus, Johan S och Anna H, det känns som om det var igår vi stod tillsammans framför gula K:t och det kommer kännas konstigt när vi skiljs åt i den riktiga världen. Tack Filippa och Andreas J för svettiga timmar på KTH-hallen.
Tack också Andreas J för att du dragit iväg mig till gymmet under hösten när jag trott att jag haft viktigare saker för mig. Tack även Emma och Lan Lan för beställningar och Inger och Kristina för administrativ hjälp. Tack Roxana & Co för fantastiskt jobb i diskrummet.
Sara K, vad hade jag gjort utan dig? Jag kan inte tänka mig hur det kommer vara att inte sitta bredvid dig varje dag. Tack för att du alltid finns där oavsett om man vill skratta eller gråta. Du är nog bäst i världen på att muntra upp när inget går som det ska. Jag hoppas du förstår att du är helt fantastisk.
Tack alla härliga sångfåglar som jag fått sjunga med i luciatåget genom åren. Hanna T, Sara K, Anneli H, Magnus, Erik F, Andreas H, Tobbe, Micke, Tarek, Erica, Josefine, Anna-Luisa och LanLan. Lucia är verkligen bästa dagen på året!
Tack alla på plan3 för att ni tillsammans gör det till världens bästa arbet-splats. Tack också till alla HPA-grupper som tillsammans gjort HPA till det fantastiska projekt det är. Särskilt tack till proteinfabriken för BCA-analyser m.m, tack till immunotech för hjälp med western blot och tack till molbio för kontrollsekvensning. Tack också för trevliga resor till Mallorca och Antalya.
Alla vänner utanför KTH, tack för allt kul vi haft genom åren. Tack gym-nasiegänget Linda, Sophia, Jennie, Aya, Susanna, Linn, Rickard och Myggan för roliga middagar och söta barn. Tack Isabelle för att du är min närmsta vän och alltid stöttar! Tack Aida och Kalle för att ni är fan-tastiska och alltid finns där och tack till mina musketörer Johnny, Marcus och Linda för alla fantastiska och galna stunder. Ni är bäst!
Tack även till Frinsö-klanen som får mig att glömma forskningen ibland för att fokusera på de viktiga sakerna i livet, som fönsterfoder och elverk. Min fina familj, Mamma, Pappa och lillebror Henning. Ni är de bästa och jag älskar er över allt annat. Tack för att ni låtit mig gå min egen väg och att ni stöttat mig med mina "flygande proteiner".
Slutligen, min älskade Tord, tack för att du gör mig lycklig och får mig att skratta varje dag. Tack för att du alltid är stolt över mig, speciellt när jag behöver det som mest. Du och jag för alltid.
Bibliography
[1] F. H. Crick. On protein synthesis. Symp Soc Exp Biol, 12:138–63, 1958.
[2] N. Gregersen, P. Bross, S. Vang, and J. H. Christensen. Protein misfolding and human disease. Annu Rev Genomics Hum Genet, 7:103–24, 2006.
[3] S. Khan and M. Vihinen. Spectrum of disease-causing mutations in protein sec-ondary structures. BMC Struct Biol, 7:56, 2007.
[4] F. Crick. Central dogma of molecular biology. Nature, 227(5258):561–3, 1970. [5] B. R. Glick and J. J. Pasternak. Molecular biotechnology : principles and
applica-tions of recombinant DNA. ASM Press, Washington, D.C., 3rd edition, 2003.
[6] C. Branden and J. Tooze. Introduction to protein structure. Garland : Taylor
Francis, New York, 2nd edition, 1999.
[7] M. Mann, R. C. Hendrickson, and A. Pandey. Analysis of proteins and proteomes by mass spectrometry. Annu Rev Biochem, 70:437–73, 2001.
[8] M. Uhlen, E. Bjorling, C. Agaton, C. A. Szigyarto, B. Amini, E. Andersen, A. C. Andersson, P. Angelidou, A. Asplund, C. Asplund, L. Berglund, K. Bergstrom, H. Brumer, D. Cerjan, M. Ekstrom, A. Elobeid, C. Eriksson, L. Fagerberg, R. Falk, J. Fall, M. Forsberg, M. G. Bjorklund, K. Gumbel, A. Halimi, I. Hallin, C. Ham-sten, M. Hansson, M. Hedhammar, G. Hercules, C. Kampf, K. Larsson, M. Lind-skog, W. Lodewyckx, J. Lund, J. Lundeberg, K. Magnusson, E. Malm, P. Nilsson, J. Odling, P. Oksvold, I. Olsson, E. Oster, J. Ottosson, L. Paavilainen, A. Pers-son, R. Rimini, J. Rockberg, M. RunePers-son, A. SivertsPers-son, A. Skollermo, J. Steen, M. Stenvall, F. Sterky, S. Stromberg, M. Sundberg, H. Tegel, S. Tourle, E. Wahlund, A. Walden, J. Wan, H. Wernerus, J. Westberg, K. Wester, U. Wrethagen, L. L. Xu, S. Hober, and F. Ponten. A human protein atlas for normal and cancer tissues based on antibody proteomics. Mol Cell Proteomics, 4(12):1920–32, 2005.
[9] E. Lundberg and M. Uhlen. Creation of an antibody-based subcellular protein atlas. Proteomics, 10(22):3984–96, 2010.
[10] T. Geiger, A. Wehner, C. Schaab, J. Cox, and M. Mann. Comparative proteomic analysis of eleven common cell lines reveals ubiquitous but varying expression of most proteins. Mol Cell Proteomics, 11(3):M111 014050, 2012.
[11] U. B. Nielsen and B. H. Geierstanger. Multiplexed sandwich assays in microarray format. J Immunol Methods, 290(1-2):107–20, 2004.
[12] M. Bantscheff, M. Schirle, G. Sweetman, J. Rick, and B. Kuster. Quantitative mass spectrometry in proteomics: a critical review. Anal Bioanal Chem, 389(4):1017–31, 2007.
[13] M. Bantscheff, S. Lemeer, M. M. Savitski, and B. Kuster. Quantitative mass
spec-trometry in proteomics: critical review update from 2007 to the present. Anal
Bioanal Chem, 404(4):939–65, 2012.
[14] O. T. Avery, C. M. Macleod, and M. McCarty. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of pneumococcal types : Induction of transformation by a desoxyribonucleic acid fraction isolated from pneumococcus type iii. J Exp Med, 79(2):137–58, 1944.
[15] J. D. Watson and F. H. Crick. Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature, 171(4356):737–8, 1953.
[16] F. H. Crick, L. Barnett, S. Brenner, and R. J. Watts-Tobin. General nature of the genetic code for proteins. Nature, 192:1227–32, 1961.
[17] T. B. Osborne. The vegetable proteins. Monographs on biochemistry. 1909. [18] D. Perrett. From ’protein’ to the beginnings of clinical proteomics. Proteomics Clin
Appl, 1(8):720–38, 2007.
[19] H. B. Vickery. The origin of the word protein. Yale J Biol Med, 22(5):387–93, 1950. [20] J. A. Reynolds and C. Tanford. Nature’s robots : a history of proteins. Oxford
University Press, Oxford, 2001.
[21] F. Sanger and H. Tuppy. The amino-acid sequence in the phenylalanyl chain of insulin. i. the identification of lower peptides from partial hydrolysates. Biochem J, 49(4):463–81, 1951.
[22] F. Sanger and H. Tuppy. The amino-acid sequence in the phenylalanyl chain of
insulin. 2. the investigation of peptides from enzymic hydrolysates. Biochem J,
49(4):481–90, 1951.
[23] L. Pauling, R. B. Corey, and H. R. Branson. The structure of proteins; two hydrogen-bonded helical configurations of the polypeptide chain. Proc Natl Acad Sci U S A, 37(4):205–11, 1951.
[24] L. Pauling and R. B. Corey. Atomic coordinates and structure factors for two helical configurations of polypeptide chains. Proc Natl Acad Sci U S A, 37(5):235–40, 1951. [25] C. Tanford. How protein chemists learned about the hydrophobic factor. Protein
Sci, 6(6):1358–66, 1997.
[26] W. Kauzmann. Some factors in the interpretation of protein denaturation. Adv Protein Chem, 14:1–63, 1959.
[27] R. K. Saiki, S. Scharf, F. Faloona, K. B. Mullis, G. T. Horn, H. A. Erlich, and N. Arnheim. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and re-striction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science, 230(4732):1350–4, 1985.
[28] K. Mullis, F. Faloona, S. Scharf, R. Saiki, G. Horn, and H. Erlich. Specific enzymatic amplification of dna in vitro: the polymerase chain reaction. Cold Spring Harb Symp Quant Biol, 51 Pt 1:263–73, 1986.
[29] E. C. Hayden. Technology: The $1,000 genome. Nature, 507(7492):294–5, 2014. [30] E. S. Lander, L. M. Linton, B. Birren, C. Nusbaum, M. C. Zody, J. Baldwin,
K. Devon, K. Dewar, M. Doyle, W. FitzHugh, R. Funke, D. Gage, K. Harris, A. Heaford, J. Howland, L. Kann, J. Lehoczky, R. LeVine, P. McEwan, K. McK-ernan, J. Meldrim, J. P. Mesirov, C. Miranda, W. Morris, J. Naylor, C. Raymond, M. Rosetti, R. Santos, A. Sheridan, C. Sougnez, N. Stange-Thomann, N. Stojanovic, A. Subramanian, D. Wyman, J. Rogers, J. Sulston, R. Ainscough, S. Beck, D. Bent-ley, J. Burton, C. Clee, N. Carter, A. Coulson, R. Deadman, P. Deloukas, A. Dun-ham, I. DunDun-ham, R. Durbin, L. French, D. GrafDun-ham, S. Gregory, T. Hubbard, S. Humphray, A. Hunt, M. Jones, C. Lloyd, A. McMurray, L. Matthews, S. Mercer, S. Milne, J. C. Mullikin, A. Mungall, R. Plumb, M. Ross, R. Shownkeen, S. Sims, R. H. Waterston, R. K. Wilson, L. W. Hillier, J. D. McPherson, M. A. Marra, E. R. Mardis, L. A. Fulton, A. T. Chinwalla, K. H. Pepin, W. R. Gish, S. L. Chissoe, M. C. Wendl, K. D. Delehaunty, T. L. Miner, A. Delehaunty, J. B. Kramer, L. L. Cook, R. S. Fulton, D. L. Johnson, P. J. Minx, S. W. Clifton, T. Hawkins, E. Branscomb, P. Predki, P. Richardson, S. Wenning, T. Slezak, N. Doggett, J. F. Cheng, A. Olsen, S. Lucas, C. Elkin, E. Uberbacher, M. Frazier, et al. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature, 409(6822):860–921, 2001.
[31] J. C. Venter, M. D. Adams, E. W. Myers, P. W. Li, R. J. Mural, G. G. Sutton, H. O. Smith, M. Yandell, C. A. Evans, R. A. Holt, J. D. Gocayne, P. Amanatides, R. M. Ballew, D. H. Huson, J. R. Wortman, Q. Zhang, C. D. Kodira, X. H. Zheng, L. Chen, M. Skupski, G. Subramanian, P. D. Thomas, J. Zhang, G. L. Gabor Mik-los, C. Nelson, S. Broder, A. G. Clark, J. Nadeau, V. A. McKusick, N. Zinder, A. J. Levine, R. J. Roberts, M. Simon, C. Slayman, M. Hunkapiller, R. Bolanos, A. Delcher, I. Dew, D. Fasulo, M. Flanigan, L. Florea, A. Halpern, S. Hannen-halli, S. Kravitz, S. Levy, C. Mobarry, K. Reinert, K. Remington, J. Abu-Threideh, E. Beasley, K. Biddick, V. Bonazzi, R. Brandon, M. Cargill, I. Chandramouliswaran, R. Charlab, K. Chaturvedi, Z. Deng, V. Di Francesco, P. Dunn, K. Eilbeck, C. Evan-gelista, A. E. Gabrielian, W. Gan, W. Ge, F. Gong, Z. Gu, P. Guan, T. J. Heiman, M. E. Higgins, R. R. Ji, Z. Ke, K. A. Ketchum, Z. Lai, Y. Lei, Z. Li, J. Li, Y. Liang, X. Lin, F. Lu, G. V. Merkulov, N. Milshina, H. M. Moore, A. K. Naik, V. A. Narayan, B. Neelam, D. Nusskern, D. B. Rusch, S. Salzberg, W. Shao, B. Shue, J. Sun, Z. Wang, A. Wang, X. Wang, J. Wang, M. Wei, R. Wides, C. Xiao, C. Yan, et al. The sequence of the human genome. Science, 291(5507):1304–51, 2001. [32] M. R. Wilkins, C. Pasquali, R. D. Appel, K. Ou, O. Golaz, J. C. Sanchez, J. X.
Hochstrasser. From proteins to proteomes: large scale protein identification by two-dimensional electrophoresis and amino acid analysis. Biotechnology (N Y), 14(1):61– 5, 1996.
[33] R. Aebersold and M. Mann. Mass spectrometry-based proteomics. Nature,
422(6928):198–207, 2003.
[34] B. Domon and R. Aebersold. Mass spectrometry and protein analysis. Science, 312(5771):212–7, 2006.
[35] P. H. O’Farrell. High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins. J Biol Chem, 250(10):4007–21, 1975.
[36] O. Stoevesandt and M. J. Taussig. Affinity reagent resources for human proteome detection: initiatives and perspectives. Proteomics, 7(16):2738–50, 2007.
[37] M. Clamp, B. Fry, M. Kamal, X. Xie, J. Cuff, M. F. Lin, M. Kellis, K. Lindblad-Toh, and E. S. Lander. Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome. Proc Natl Acad Sci U S A, 104(49):19428–33, 2007.
[38] M. Mann and O. N. Jensen. Proteomic analysis of post-translational modifications. Nat Biotechnol, 21(3):255–61, 2003.
[39] O. N. Jensen. Modification-specific proteomics: characterization of
post-translational modifications by mass spectrometry. Curr Opin Chem Biol, 8(1):33–41, 2004.
[40] M. Wilhelm, J. Schlegl, H. Hahne, A. Moghaddas Gholami, M. Lieberenz, M. M. Savitski, E. Ziegler, L. Butzmann, S. Gessulat, H. Marx, T. Mathieson, S. Lemeer, K. Schnatbaum, U. Reimer, H. Wenschuh, M. Mollenhauer, J. Slotta-Huspenina,
J. H. Boese, M. Bantscheff, A. Gerstmair, F. Faerber, and B. Kuster.
Mass-spectrometry-based draft of the human proteome. Nature, 509(7502):582–7, 2014.
[41] J. Cox and M. Mann. Quantitative, high-resolution proteomics for data-driven
systems biology. Annu Rev Biochem, 80:273–99, 2011.
[42] N. L. Anderson and N. G. Anderson. The human plasma proteome: history, char-acter, and diagnostic prospects. Mol Cell Proteomics, 1(11):845–67, 2002.
[43] J. L. Luque-Garcia and T. A. Neubert. Sample preparation for serum/plasma pro-filing and biomarker identification by mass spectrometry. J Chromatogr A, 1153(1-2):259–76, 2007.
[44] P. A. McGettigan. Transcriptomics in the rna-seq era. Curr Opin Chem Biol,
17(1):4–11, 2013.
[45] A. Mortazavi, B. A. Williams, K. McCue, L. Schaeffer, and B. Wold. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by rna-seq. Nat Methods, 5(7):621–8, 2008. [46] S. K. Archer, D. Inchaustegui, R. Queiroz, and C. Clayton. The cell cycle regulated
transcriptome of trypanosoma brucei. PLoS One, 6(3):e18425, 2011.
[47] R. de Sousa Abreu, L. O. Penalva, E. M. Marcotte, and C. Vogel. Global signatures of protein and mrna expression levels. Mol Biosyst, 5(12):1512–26, 2009.
[48] E. Lundberg, L. Fagerberg, D. Klevebring, I. Matic, T. Geiger, J. Cox, C. Algenas, J. Lundeberg, M. Mann, and M. Uhlen. Defining the transcriptome and proteome in three functionally different human cell lines. Mol Syst Biol, 6:450, 2010.
[49] E. Eisenberg and E. Y. Levanon. Human housekeeping genes, revisited. Trends Genet, 29(10):569–74, 2013.
[50] J. K. Aronson. Biomarkers and surrogate endpoints. Br J Clin Pharmacol,
59(5):491–4, 2005.
[51] L. Trinkle-Mulcahy. Resolving protein interactions and complexes by affinity
pu-rification followed by label-based quantitative mass spectrometry. Proteomics,
12(10):1623–38, 2012.
[52] A. C. Gingras, M. Gstaiger, B. Raught, and R. Aebersold. Analysis of protein complexes using mass spectrometry. Nat Rev Mol Cell Biol, 8(8):645–54, 2007. [53] E. de Hoffman and V. Stroobant. Mass spectrometry : principles and applications.
John Wiley, Chichester, 3. edition, 2007.
[54] M. Karas and F. Hillenkamp. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons. Anal Chem, 60(20):2299–301, 1988.
[55] J. B. Fenn, M. Mann, C. K. Meng, S. F. Wong, and C. M. Whitehouse. Electrospray ionization for mass spectrometry of large biomolecules. Science, 246(4926):64–71, 1989.
[56] X. Han, A. Aslanian, and 3rd Yates, J. R. Mass spectrometry for proteomics. Curr Opin Chem Biol, 12(5):483–90, 2008.
[57] H. Steen and M. Mann. The abc’s (and xyz’s) of peptide sequencing. Nat Rev Mol Cell Biol, 5(9):699–711, 2004.
[58] N. Nagaraj, J. R. Wisniewski, T. Geiger, J. Cox, M. Kircher, J. Kelso, S. Paabo, and M. Mann. Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line. Mol Syst Biol, 7:548, 2011.
[59] A. H. Payne and G. L. Glish. Tandem mass spectrometry in quadrupole ion trap and ion cyclotron resonance mass spectrometers. Methods Enzymol, 402:109–48, 2005.
[60] R. Craig and R. C. Beavis. Tandem: matching proteins with tandem mass spectra. Bioinformatics, 20(9):1466–7, 2004.
[61] D. L. Tabb, C. G. Fernando, and M. C. Chambers. Myrimatch: highly accurate tan-dem mass spectral peptide identification by multivariate hypergeometric analysis. J Proteome Res, 6(2):654–61, 2007.
[62] J. Cox, N. Neuhauser, A. Michalski, R. A. Scheltema, J. V. Olsen, and M. Mann.