Det praktiska arbetet har för implementering av bakterien STEC utförts gemensamt av E.S., M.R.P. och S.L. Medan det praktiska arbetet av förbättring av klustringsmetoden har utförts gemensamt av J.B., S.S. och S.Z.
Rubriken Bakgrund och syfte är skrivet av hela gruppen. Specifikt är avsnittet om Livsmedelsverkets pipeline skrivet av S.Z., samt Bakterier skrivet av M.R.P. och S.Z. I Bakgrund samt Utförande & Resultat är artbestämning, Assembly, Korrigering av assembly, Typning och MLST är skrivet av E.S., Trimning, Kvalitetskontroll och Virulensgener av M.R.P., samt Nedsampling och Serotypning skrivet av S.L. Klustring och SNP-analys är skrivet av S.Z. och J.B.
Under rubriken Utförande & Resultat är vidare avsnittet Förberedande steg skrivet av S.L. och E.S. Prestandakrav, Utvecklingsmiljö och Installation är skrivet av S.S, SNP-analys och Referensgenom-bugg av S.Z. och Konfigurationsfil av J.B & S.S. Vidare är Separation av exkluderingsparametrar, Adaptivitet, Kluster-bugg och Visualisering av exkludering skrivet av J.B & S.S, Optimering av beräkningstid och Leverans av pipeline skrivet av S.S samt Klustringstester skrivet av S.Z. Resultat från en STEC-körning är skrivet av E.S., och Utvecklingar och ändringar av klustermetoden av S.Z och J.B.
Diskussionen är i delen Generellt skriven av M.R.P och Ändringar i pipeline skriven av S.L. (förutom delen referensgenom-bugg som är skriven av S.Z). Diskussionen under avsnittet Klustring är skriven av S.Z., J.B och S.S.
Abstrakt, Populärvetenskaplig sammanfattning och Sammanfattning är skriven av S.Z. Etisk analys är skriven av J.B. Appendix A är skrivet av E.S. och J.B., Appendix B av E.S., S.Z. och J.B., Appendix C och Appendix D av J.B., Appendix E av E.S. och slutligen Appendix F av M.R.P.
Bilden på framsidan av rapporten är gjord av S.Z. Figurerna 4 och 9 har gjorts av J.B., figurerna 1, 2 och 3 av S.Z., samt figur 7 av S.S.
Referenser
Astanin S. 2021. python-tabulate. online May 15, 2021:
https://github.com/astanin/python-tabulate. Accessed May 18, 2021. Babraham Bioinformatics. What is FastQC? online:
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/1%20Introduction/1. 1%20What%20is%20FastQC.html. Accessed May 16, 2021a.
Babraham Bioinformatics. Per Base Sequence Quality. online:
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis%20 Modules/2%20Per%20Base%20Sequence%20Quality.html. Accessed May 17, 2021b. Babraham Bioinformatics. Per Tile Sequence Quality. online:
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis%20 Modules/12%20Per%20Tile%20Sequence%20Quality.html. Accessed May 17, 2021c.
Babraham Bioinformatics. Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data. online:
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/. Accessed May 26, 2021d.
Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL. 2009. BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10: 421.
Center for Genomic Epidemiology. 2020a. VirulenceFinder 2.0 instructions. online 2020: https://cge.cbs.dtu.dk/services/VirulenceFinder/instructions.php. Accessed May 8, 2021.
Center for Genomic Epidemiology. 2020b. cgecore: Center for Genomic Epidemiology Core Module. online November 2, 2020:
https://bitbucket.org/genomicepidemiology/cge_core_module. Accessed May 18, 2021.
Clausen PTLC, Aarestrup FM, Lund O. 2018. Rapid and precise alignment of raw reads against redundant databases with KMA. BMC Bioinformatics 19: 307.
Doumith M, Buchrieser C, Glaser P, Jacquet C, Martin P. 2004. Differentiation of the Major Listeria monocytogenes Serovars by Multiplex PCR. Journal of Clinical
Microbiology 42: 3819–3822.
Edwards AWF, Cavalli-Sforza LL. 1965. A Method for Cluster Analysis. Biometrics 21: 362–375.
EFSA BIOHAZ Panel (EFSA Panel on Biological Hazards). 2014. Scientific Opinion on the evaluation of molecular typing methods for major food-borne microbiological hazards and their use for attribution modelling, outbreak investigation and scanning
surveillance: Part 2 (surveillance and data management activities). EFSA Journal 12: 3784.
Egervärn M, Flink C. 2014. Kartläggning av shigatoxin- producerande E.coli (STEC) på nötkött och bladgrönsaker. 22: 29.
EURL-AR. 2021. PROTOCOL FOR WHOLE GENOME SEQUENCING AND
BIOINFORMATIC ANALYSIS OF BACTERIAL ISOLATES RELATED TO THE EU MONITORING OF ANTIMICROBIAL RESISTANCE. 15.
European Centre for Disease Prevention and Control. 2015. Surveillance of food- and waterborne diseases in the EU/EEA 2010-2012. 41.
Ewing B, Green P. 1998. Base-Calling of Automated Sequencer Traces Using Phred. II. Error Probabilities. Genome Research 8: 186–194.
STEC Surveillance Overview. 4.
Illumina Inc. 2021. MiSeq Specifications | Key performance parameters. online 2021: https://emea.illumina.com/systems/sequencing-platforms/miseq/specifications.html. Accessed May 5, 2021.
Joensen KG, Tetzschner AMM, Iguchi A, Aarestrup FM, Scheutz F. 2015. Rapid and Easy In Silico Serotyping of Escherichia coli Isolates by Use of Whole-Genome Sequencing Data. Journal of Clinical Microbiology 53: 2410–2426.
Jolley KA. 2010. PubMLST - Public databases for molecular typing and microbial genome diversity. online 2010: https://pubmlst.org/. Accessed May 5, 2021.
Jolley KA. 2014. Bacterial Isolate Genome Sequence Database (BIGSdb) — BIGSdb 1.31.0 documentation. online 2014: https://bigsdb.readthedocs.io/en/latest/. Accessed April 26, 2021.
Jolley KA, Bray JE, Maiden MCJ. 2018. Open-access bacterial population genomics:... | Wellcome Open Research. online 2018:
https://wellcomeopenresearch.org/articles/3-124/v1. Accessed April 26, 2021. Kaper JB, Nataro JP, Mobley HLT. 2004. Pathogenic Escherichia coli. Nature Reviews
Microbiology 2: 123–140.
Karolinska Institutet. Svensk MESH - Serotypning. online:
https://mesh.kib.ki.se/term/D012703/serotyping. Accessed April 23, 2021a. Karolinska Institutet. Virulensfaktorer | Svensk MeSH. online:
https://mesh.kib.ki.se/term/D037521/virulence-factors. Accessed May 5, 2021b. Langmead B, Salzberg SL. 2012. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods
9: 357–359.
Larsen MV, Cosentino S, Rasmussen S, Friis C, Hasman H, Marvig RL, Jelsbak L,
Sicheritz-Pontén T, Ussery DW, Aarestrup FM, Lund O. 2012. Multilocus Sequence Typing of Total-Genome-Sequenced Bacteria. Journal of Clinical Microbiology 50: 1355–1361.
Li H. 2018. seqtk. online 2018: https://github.com/lh3/seqtk. Accessed May 16, 2021. Liao X, Li M, Zou Y, Wu F-X, Yi-Pan, Wang J. 2019. Current challenges and solutions of
<strong>de novo</strong> assembly. Quantitative Biology 7: 90–109.
Lischer HEL, Shimizu KK. 2017. Reference-guided de novo assembly approach improves genome reconstruction for related species. BMC Bioinformatics 18: 474.
Lundberg M. Snowy User Guide - Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science - Uppsala University, Sweden. online:
https://www.uppmax.uu.se/support/user-guides/snowy-user-guide/. Accessed May 17, 2021a.
Lundberg M. Software - Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science - Uppsala University, Sweden. online:
https://www.uppmax.uu.se/resources/software/. Accessed May 17, 2021b. Lundberg M. SLURM user guide - Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced
Computational Science - Uppsala University, Sweden. online:
https://uppmax.uu.se/support/user-guides/slurm-user-guide/. Accessed May 17, 2021c.
Lundberg M. Installed Software - Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science - Uppsala University, Sweden. online:
https://www.uppmax.uu.se/resources/software/installed-software/. Accessed May 17, 2021d.
Lundberg M. Module system - Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science - Uppsala University, Sweden. online:
2021e.
McLay R. Lmod: A New Environment Module System — Lmod 8.4.31 documentation. online: https://lmod.readthedocs.io/en/latest/. Accessed May 5, 2021.
NCBI (National Center of Biotechnology Information). Help for Assembly. online: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/help/. Accessed May 14, 2021. Östlund E. 2019. BacIL - En Bioinformatisk Pipeline för Analys av Bakterieisolat.
Studentuppsats, Uppsala Universitet
Pérez-Losada M, Arenas M, Castro-Nallar E. 2018. Microbial sequence typing in the genomic era. Infection, Genetics and Evolution: Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases 63: 346–359.
Prjibelski A, Antipov D, Meleshko D, Lapidus A, Korobeynikov A. 2020. Using SPAdes De Novo Assembler. Current Protocols in Bioinformatics 70: e102.
Ranjbar R, Karami A, Farshad S, Giammanco GM, Mammina C. 2014. Typing methods used in the molecular epidemiology of microbial pathogens: a how-to guide. The New Microbiologica 37: 1–15.
Scheutz F. genomicepidemiology / serotypefinder — Bitbucket. online:
https://bitbucket.org/genomicepidemiology/serotypefinder/src/master/. Accessed May 17, 2021.
Seemann T. 2019. mlst. online September 4, 2019: https://github.com/tseemann/mlst. . Sheppard SK, Jolley KA, Maiden MCJ. 2012. A Gene-By-Gene Approach to Bacterial
Population Genomics: Whole Genome MLST of Campylobacter. Genes 3: 261–277. Svensk MeSH. Essentiella gener. online:
https://mesh.kib.ki.se/term/D020043/genes-essential. Accessed May 17, 2021. Sveriges lantbruksuniversitet. 2013. VetBact. online March 6, 2013:
http://www.vetbact.org/?LANG=sv&displayextinfo=77&PHPSESSID=162fd3ce21e2 0a039b6af9fa0ceb6e22. Accessed May 5, 2021.
Thermo Fischer Scientific Inc. 2018. Ion GeneStudio S5 Specs - SE. online 2018:
//www.thermofisher.com/uk/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequen cing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-se quencing-run-sequence/ion-s5-ngs-targeted-sequencing/ion-s5-specifications.html. Accessed May 5, 2021.
USADELLAB. Trimmomatic Manual: V0.32. 0.32: 14.
Walker BJ, Abeel T, Shea T, Priest M, Abouelliel A, Sakthikumar S, Cuomo CA, Zeng Q, Wortman J, Young SK, Earl AM. 2014. Pilon: An Integrated Tool for Comprehensive Microbial Variant Detection and Genome Assembly Improvement. PLOS ONE 9: e112963.
Wassenaar TM, Gaastra W. 2001. Bacterial virulence: can we draw the line? FEMS Microbiology Letters 201: 1–7.
Wood D. 2019. Kraken2. online November 28, 2019:
https://github.com/DerrickWood/kraken2. Accessed May 5, 2021.
Wood DE, Lu J, Langmead B. 2019. Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology 20: 257.
Wood DE, Salzberg SL. 2014. Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments. Genome Biology 15: R46.
Yoo AB, Jette MA, Grondona M. 2003. SLURM: Simple Linux Utility for Resource Management. In: Feitelson D, Rudolph L, Schwiegelshohn U (ed.). Job Scheduling Strategies for Parallel Processing, pp. 44–60. Springer, Berlin, Heidelberg.