Naturen är uppbyggd av en rad olika komplexa makromolekylära strukturer, däribland proteiner. I dagens träningssamhälle pratas mycket om proteiner och proteintillskott, men det är inte det jag har fokuserat på under min tid som doktorand. Jag har studerat de unika egenskaperna som proteiner har när de veckas. Proteiner har många olika funktioner i cellen, så som att exempelvis fungera som ett enzym som hjälper till att katalysera andra reaktioner, eller att bygga upp celler och muskler. För att ett protein ska kunna fungera och utföra sin specifika funktion behöver det veckas till sin unika tredimensionella struktur, det så kallade nativa tillståndet (N). Att denna vecknings-process kan ske på mindre än en sekund är svårt att förstå mot bakgrund av hur kom-plicerad den är. En av de centrala och fortfarande olösta frågorna inom biologin är hur just denna proteinveckning går till?
Proportionerna på problemet kan skönjas i den så kallade golfparadoxen: om alla tänkbara former ses som rutor på en ofantlig golfbana (proteinets veckningslandskap), och proteinet liknas vid en blind golfspelare (vilket är rimligt) som tillåts slå 10 000 000 000 000 gånger i sekunden (vilket är med den hastighet som ett protein kan röra sig) skulle det ta länge tid än universums ålder att hitta hålet. Vilket inte är möjligt.
Under min doktorand period har jag studerat det ribosomal proteinet S6, från Thermus thermophilus, för att kunna kartlägga vilka delar av proteinet som är viktiga för veck-ningen samt hur vi kan påverka processen. För att undersöka detta och för att se vil-ken frihet naturen har i veckningsprocessen har jag studerat hur mycket vi kan störa veckningen för ett givet protein med hjälp av ‘protein engineering’, dvs. hur mycket kan vi klippa och klistra i proteinet utan att förstöra veckningslandskapet. I huvudsak har jag arbetat med att producera olika topologiska varianter av S6, så kallade permu-tanter, där den inbördes ordningen av sekundärstrukturselementen ändras utan att den slutliga nativa strukturen påverkas. Endast looparna knyts på nya sätt med hjälp av så kallad cirkulär permutation. Med dessa varianter har vi kunnat se att
veckningsland-skapet inte är helt platt utan i själva verket är en tratt (Figur 22). Vi har dessutom visat att proteiner inte behöver följa en strikt väg i tratten utan kan virvla ner på olika sätt.
Med hjälp av så kallad φ-värdes analys har vi kunnat visa att det minsta veckningsmo-tivet som krävs för att ett protein ska veckas är en helix och två strands. Detta veck-ningsmotiv är inte unikt för S6 utan kan även ses i andra små α/β proteiner. Veck-ningslandskapet är dessutom plastiskt och kan styras av flera dominanta veckningsvä-gar. S6 kan antingen veckan via β1, β3 och α1 (foldon 1, σ1→σ2) eller via β1, β4 och α2 (foldon 2, σ2→σ1). För att behålla en kooperativ veckningen process, dvs.
behålla en ‘allt eller inget’ reaktion, hålls dessa två vägar samman med hjälp av ett överlappande element, där veckning av den ena vägen katalyserar bildningen av den andra, då båda innehåller β-strand 1. Med resultatet från HD-utbytes experiment hos två S6 konstrukt, S6wt och P54-55, kan vi visa att nativa fluktuationer, så kallade ‘bre-athing motions’ där amid protonerna exponerar så att ett utbyte kan ske mellan 1H och lösningen (D2O). Vi har visat att detta utbyte sker oberoende av veckningsvägen, då processerna sker på olika energinivåer i veckningslandskapet.
Acknowledgement
Under mina år som doktorand finns det ett antal personer som har hjälpt och stöttat mig. Så jag vill passa på att tacka alla kollegor och personer som jag stött på under min tid som doktorand. Speciellt vill jag tacka:
Mikael Olivberg, som antog mig som doktorand och lärde mig allt jag kan om protei-ner och proteinveckning. För alla givande diskussioprotei-ner och att du lärt mig att se den enkla lösningen på svåra problem. Tack för ditt stöd och engagemang/entusiasm.
Pia Harryson, ‘Lab-chef’ som håller ordning och reda på oss alla och livar upp ‘fol-ding-gruppen’. Det har hunnit blivit en hel del trevliga middagar hemma hos Olive-berg/Haryson och ute i världen, där till och med jag gillar det mesta som serverats.
Magnus Lindberg, du började som min handledare och vi slutade som ett superteam med vår lilla ‘mutant-fabrik’. Saknar vårt teamwork! Jag vill även tacka Anna Nord-lund och Linda Hedberg, för att ni varit bra kollegor och vänner. Ett särskilt tack till Anna som även varit min sambo. Det var vi fyra som tog oss an ‘storstan’ tillsam-mans!
Jesper Lind & Lena Mäler, som lärt mig det lilla jag kan om NMR. Ett särkilt tack för alla trevliga middagar i Florens. Tack Jesper för alla diskussioner och sena kväl-lar/nätter på lab.
Sylvia Eriksson & Ann-Louise Johansson, för alla sköna utekvällar och roliga stun-der. Två riktiga sköna brudar som jag kommer att sakna hur mycket som helst!
Stockholmgruppen, Martin Kurnik, Lina Leinartaite, Ylva Pamment, Jens Danielsson, Ann-Sofie Johansson, Mikael Karlström, Lisa Lang, Thank you for all fun discus-sions, both scientifically and personal, during lunch/coffee breaks and also for bring-ing knowledge to our group.
Umeå gruppen, Maria Olofsson, Robert Byström, Tommy Öman, Mikael Lindberg, Peter Stenlund, tack för den tiden som vi hade tillsammans i Umeå. Klart att man sak-nar Norrland ibland!
Projektarbetare, Sylvia Kirchberg, Fransiska Hempelman, Fatma Guettou , Rojda Sa-hin, for all you work in the lab and also for joining me to SATS.
Dr. Jayant B. Udgaonkar, for letting me work in your group and for all the things I learned, both scientifically and in life. I will never forget the great experiences I had in Bangalore, it changed my life and I am very grateful. Thanks to the group and all nice people I met and a special thanks to Kalyan Sinha for helping me with eve-rything.
Stefan Nordlund, för ditt engagemang i alla oss doktorander och för din hjälp med att granska min avhandling.
Administrativ personal, Jag vill tacka alla sekreterare och administrativ personal både vid Umeå Universitet och vid Stockholms Universitet för all hjälp. Ett särskilt tack till Maria Sallander för att du alltid hjälper mig med alla knasiga frågor. Utan er skulle inget fungera.
Ett stort tack till alla mina vänner utanför akademin i verkliga livet. Ni betyder otro-ligt mycket för mig!
SATS, alla kollegor och vänner på SATS. Utan er hade jag nog jobbat ihjäl mig!
SATS är min oas som ger mig balans i livet samt en plats där jag kan få en social överdos. Tack, Niklas Lindström för alla roliga/tuffa träningspass den senaste måna-den. De har gjort att jag klarat av alls stress och orkat spurta in mål med min avhand-ling.
Handbollstjejerna, för att jag kan vara jag och att vi alltid finns och har funnits där för varandra.
Stina Hallqvist, tur att vi sågs den där dagen med en fingerglass i handen uppe på sto-ra stenen i Kaggebo. Sedan dess har du varit en av mina bästa vänner som alltid finns där när jag behöver dig. Du bjuder alltid på sköna skratt och livliga diskussioner.
Tack för att du alltid förstår mig!
Christopher Sjödin, jag kan nog aldrig tacka dig tillräckligt, men jag tror att du vet hur mycket du har betytt/betyder för mig. Ett stort tack för att du finns kvar i mitt liv och tar hand om mig ibland. Du har lärt mig mycket om att ‘bära av’, fiska nycklar och mycket annat som behövs i livet.
Sist men inte minst min familj
Ulla-Britt Samuelsson, tack mormor för att du alltid stöttar och uppmuntrar mig i allt jag gör. Tillsammans med morfar, farmor och farfar har du gjort mig till den envisa person som jag är.
Conny Samuelsson, du har alltid varit en stor inspirationskälla och om jag påstod att du inte påverkat mig och mina val i livet ljuger jag. Redan som lite satte du ribban när du plockade fram en molekylsats att leka med istället för leksaker. Kanske var det redan där du styrde min väg mot kemi. Jag är fortfarande imponerad över att du cyk-lade till landet, även om jag idag vet att du stannade och sov hos mormor och morfar på vägen. Sist men inte minst så är du världens starkaste man som kan knäcka en nöt med händerna, det kan jag nog aldrig slå. Du är en förebild!
Linda världens bästa stora syster! Fördelarna med att vara din lillasyster är många, men för att nämna en så har du alltid tagit hand om mig som lillasyster och än i dag kan jag tryggt gömma mig lite bakom dig ibland, RO HIT MED MASKEN! Du är den ansvarsfulla av oss två och du har alltid sporrat och inspirerat mig. Som lillasyster kan jag alltid tävla mot dina resultat, men när det gäller högskolepoäng så erkänner jag mig slagen =)! Tillsammans med din härliga/grymma familj, Mattias, Esther och Judith, så har du/ni även lärt mig hur viktigt det är att leva till 100 procent och att livet
inte bara består av jobb och träning. Jag hoppas dock att jag kan föra något vidare som moster till Esther och Judith, så som Conny gjort som morbror till mig. För har man bara en moster så har man!
Mamma och Pappa världens bästa föräldrar, mig blir ni ALDRIG av med! Jag tänker klamra mig fast i min lilla navelsträng för alltid. Tack för att ni aldrig tröttnade på att förhöra mig på läxor och skjutsa till alla träningar och tävlingar. Ni har lärt mig att vara effektiv (lite ‘tjocka-tjocka’), att jobba hårt och satsa till 100 procent på det jag tror på. Men även att leva och ta vara på alla roliga stunder som livet erbjuder, för det finns många. Ni har lärt mig att det inte finns några gränser för vad jag kan uppnå, vill man så kan man!
References
Abdullaev, Z. K., Latypov, R. F., Badretdinov, A. Y., Dolgikh, D. A., Finkelstein, A.
V., Uversky, V. N., et al. (1997). S6 permutein shows that the unusual target topology is not responsible for the absence of rigid tertiary structure in de novo protein albebetin. FEBS Lett, 414(2), 243-246.
Abkevich, V. I., Gutin, A. M., & Shakhnovich, E. I. (1994). Specific nucleus as the transition state for protein folding: evidence from the lattice model.
Biochemistry, 33(33), 10026-10036.
Anfinsen, C. B. (1973). Principles that govern the folding of protein chains. Science, 181(96), 223-230.
Bai, Y., Milne, J. S., Mayne, L., & Englander, S. W. (1993). Primary structure effects on peptide group hydrogen exchange. Proteins, 17(1), 75-86.
Bai, Y., Sosnick, T. R., Mayne, L., & Englander, S. W. (1995). Protein folding intermediates: native-state hydrogen exchange. Science, 269(5221), 192-197.
Baker, D. (2000). A surprising simplicity to protein folding. Nature, 405(6782), 39-42.
Bashford, D., Cohen, F. E., Karplus, M., Kuntz, I. D., & Weaver, D. L. (1988).
Diffusion-collision model for the folding kinetics of myoglobin. Proteins, 4(3), 211-227.
Batey, S., & Clarke, J. (2006). Apparent cooperativity in the folding of multidomain proteins depends on the relative rates of folding of the constituent domains.
Proc Natl Acad Sci U S A, 103(48), 18113-18118.
Batey, S., & Clarke, J. (2008). The folding pathway of a single domain in a
multidomain protein is not affected by its neighbouring domain. J Mol Biol, 378(2), 297-301.
Brandts, J. F., Halvorson, H. R., & Brennan, M. (1975). Consideration of the Possibility that the slow step in protein denaturation reactions is due to cis-trans isomerism of proline residues. Biochemistry, 14(22), 4953-4963.
Bryngelson, J. D. W., P. G. . (1989). Intermediates and barrier crossing in a random energy model (with applications to protein folding). The Journal of Physical Chemistry, 93(19), 6902-6915.
Chavez, L. L., Gosavi, S., Jennings, P. A., & Onuchic, J. N. (2006). Multiple routes lead to the native state in the energy landscape of the beta-trefoil family. Proc Natl Acad Sci U S A, 103(27), 10254-10258.
Chiti, F., Taddei, N., White, P. M., Bucciantini, M., Magherini, F., Stefani, M., et al.
(1999). Mutational analysis of acylphosphatase suggests the importance of topology and contact order in protein folding. Nat Struct Biol, 6(11), 1005-1009.
Clarke, J., & Fersht, A. R. (1996). An evaluation of the use of hydrogen exchange at equilibrium to probe intermediates on the protein folding pathway. Fold Des, 1(4), 243-254.
Creighton, T. E. (1977). Conformational restrictions on the pathway of folding and unfolding of the pancreatic trypsin inhibitor. J Mol Biol, 113(2), 275-293.
Creighton, T. E. (1995). Protein folding. An unfolding story. Curr Biol, 5(4), 353-356.
Englander, S. W. (1998). Native-state HX. Trends Biochem Sci, 23(10), 378; author reply 379-381.
Ferreiro, D. U., Cho, S. S., Komives, E. A., & Wolynes, P. G. (2005). The energy landscape of modular repeat proteins: topology determines folding mechanism in the ankyrin family. J Mol Biol, 354(3), 679-692.
Fersht, A. (1999). Structure and mechanism in protein science: a guide to enzyme catalysis and protein folding. W. H. Freeman and Company, New York.
Fersht, A. R. (1995a). Characterizing transition states in protein folding: an essential step in the puzzle. Curr Opin Struct Biol, 5(1), 79-84.
Fersht, A. R. (1995b). Optimization of rates of protein folding: the nucleation-condensation mechanism and its implications. Proc Natl Acad Sci U S A, 92(24), 10869-10873.
Fersht, A. R. (1997). Nucleation mechanisms in protein folding. Curr Opin Struct Biol, 7(1), 3-9.
Fersht, A. R. (2000). Transition-state structure as a unifying basis in protein-folding mechanisms: contact order, chain topology, stability, and the extended nucleus mechanism. Proc Natl Acad Sci U S A, 97(4), 1525-1529.
Fersht, A. R., Itzhaki, L. S., elMasry, N. F., Matthews, J. M., & Otzen, D. E. (1994).
Single versus parallel pathways of protein folding and fractional formation of structure in the transition state. Proc Natl Acad Sci U S A, 91(22), 10426-10429.
Fersht, A. R., Leatherbarrow, R. J., & Wells, T. N. (1987). Structure-activity relationships in engineered proteins: analysis of use of binding energy by linear free energy relationships. Biochemistry, 26(19), 6030-6038.
Fersht, A. R., Matouschek, A., & Serrano, L. (1992). The folding of an enzyme. I.
Theory of protein engineering analysis of stability and pathway of protein folding. J Mol Biol, 224(3), 771-782.
Fersht, A. R., & Sato, S. (2004). Phi-value analysis and the nature of protein-folding transition states. Proc Natl Acad Sci U S A, 101(21), 7976-7981.
Figueiredo, L., Klunker, D., Ang, D., Naylor, D. J., Kerner, M. J., Georgopoulos, C., et al. (2004). Functional characterization of an archaeal GroEL/GroES chaperonin system: significance of substrate encapsulation. J Biol Chem, 279(2), 1090-1099.
Fowler, S. B., & Clarke, J. (2001). Mapping the folding pathway of an
immunoglobulin domain: structural detail from Phi value analysis and movement of the transition state. Structure, 9(5), 355-366.
Garel, J. R., & Baldwin, R. L. (1973). Both the fast and slow refolding reactions of ribonuclease A yield native enzyme. Proc Natl Acad Sci U S A, 70(12), 3347-3351.
Gosavi, S., Whitford, P. C., Jennings, P. A., & Onuchic, J. N. (2008). Extracting function from a beta-trefoil folding motif. Proc Natl Acad Sci U S A, 105(30), 10384-10389.
Hamill, S. J., Steward, A., & Clarke, J. (2000). The folding of an immunoglobulin-like Greek key protein is defined by a common-core nucleus and regions constrained by topology. J Mol Biol, 297(1), 165-178.
Hartl, F. U. (1996). Molecular chaperones in cellular protein folding. Nature, 381(6583), 571-579.
Hedberg, L., & Oliveberg, M. (2004). Scattered Hammond plots reveal second level of site-specific information in protein folding: phi' (beta++). Proc Natl Acad Sci U S A, 101(20), 7606-7611.
Hilton, B. D., & Woodward, C. K. (1979). On the mechanism of isotope exchange kinetics of single protons in bovine pancreatic trypsin inhibitor. Biochemistry, 18(26), 5834-5841.
Hubner, I. A., Lindberg, M., Haglund, E., Oliveberg, M., & Shakhnovich, E. I.
(2006). Common motifs and topological effects in the protein folding transition state. J Mol Biol, 359(4), 1075-1085.
Hubner, I. A., Oliveberg, M., & Shakhnovich, E. I. (2004). Simulation, experiment, and evolution: understanding nucleation in protein S6 folding. Proc Natl Acad Sci U S A, 101(22), 8354-8359.
Hvidt, A., & Nielsen, S. O. (1966). Hydrogen exchange in proteins. Adv Protein Chem, 21, 287-386.
Itzhaki, L. S., Otzen, D. E., & Fersht, A. R. (1995). The structure of the transition state for folding of chymotrypsin inhibitor 2 analysed by protein engineering methods: evidence for a nucleation-condensation mechanism for protein folding. J Mol Biol, 254(2), 260-288.
Jackson, S. E., & Fersht, A. R. (1991). Folding of chymotrypsin inhibitor 2. 1.
Evidence for a two-state transition. Biochemistry, 30(43), 10428-10435.
Kauzmann, W. (1959). Some factors in the interpretation of protein denaturation. Adv Protein Chem, 14, 1-63.
Kazmirski, S. L., Wong, K. B., Freund, S. M., Tan, Y. J., Fersht, A. R., & Daggett, V.
(2001). Protein folding from a highly disordered denatured state: the folding pathway of chymotrypsin inhibitor 2 at atomic resolution. Proc Natl Acad Sci U S A, 98(8), 4349-4354.
Kim, D. E., Fisher, C., & Baker, D. (2000). A breakdown of symmetry in the folding transition state of protein L. J Mol Biol, 298(5), 971-984.
Kim, P. S., & Baldwin, R. L. (1982). Specific intermediates in the folding reactions of small proteins and the mechanism of protein folding. Annu Rev Biochem, 51, 459-489.
Kim, P. S., & Baldwin, R. L. (1990). Intermediates in the folding reactions of small proteins. Annu Rev Biochem, 59, 631-660.
Klimov, D. K., & Thirumalai, D. (1998). Lattice models for proteins reveal multiple folding nuclei for nucleation-collapse mechanism. J Mol Biol, 282(2), 471-492.
Krantz, B. A., Dothager, R. S., & Sosnick, T. R. (2004). Discerning the structure and energy of multiple transition states in protein folding using psi-analysis. J Mol Biol, 337(2), 463-475.
Kubelka, J., Hofrichter, J., & Eaton, W. A. (2004). The protein folding 'speed limit'.
Curr Opin Struct Biol, 14(1), 76-88.
Kuwajima, K. (1989). The molten globule state as a clue for understanding the
folding and cooperativity of globular-protein structure. Proteins, 6(2), 87-103.
Lam, A. R., Borreguero, J. M., Ding, F., Dokholyan, N. V., Buldyrev, S. V., Stanley, H. E., et al. (2007). Parallel folding pathways in the SH3 domain protein. J Mol Biol, 373(5), 1348-1360.
Levinthal, C. (1968). "Are there pathways for protein folding.". J. Chim. Phys, 65, 44-45.
Lindahl, M., Svensson, L. A., Liljas, A., Sedelnikova, S. E., Eliseikina, I. A.,
Fomenkova, N. P., et al. (1994). Crystal structure of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus. EMBO J, 13(6), 1249-1254.
Lindberg, M., Tangrot, J., & Oliveberg, M. (2002). Complete change of the protein folding transition state upon circular permutation. Nat Struct Biol, 9(11), 818-822.
Lindberg, M. J., Normark, J., Holmgren, A., & Oliveberg, M. (2004). Folding of human superoxide dismutase: disulfide reduction prevents dimerization and produces marginally stable monomers. Proc Natl Acad Sci U S A, 101(45), 15893-15898.
Lindberg, M. O., Haglund, E., Hubner, I. A., Shakhnovich, E. I., & Oliveberg, M.
(2006). Identification of the minimal protein-folding nucleus through loop-entropy perturbations. Proc Natl Acad Sci U S A, 103(11), 4083-4088.
Lindberg, M. O., & Oliveberg, M. (2007). Malleability of protein folding pathways: a simple reason for complex behaviour. Curr Opin Struct Biol, 17(1), 21-29.
Lindberg, M. O., Tangrot, J., Otzen, D. E., Dolgikh, D. A., Finkelstein, A. V., &
Oliveberg, M. (2001). Folding of circular permutants with decreased contact order: general trend balanced by protein stability. J Mol Biol, 314(4), 891-900.
Makhatadze, G. I., & Privalov, P. L. (1993). Contribution of hydration to protein folding thermodynamics. I. The enthalpy of hydration. J Mol Biol, 232(2), 639-659.
Martinez, J. C., & Serrano, L. (1999). The folding transition state between SH3 domains is conformationally restricted and evolutionarily conserved. Nat Struct Biol, 6(11), 1010-1016.
Matouschek, A., Kellis, J. T., Jr., Serrano, L., & Fersht, A. R. (1989). Mapping the transition state and pathway of protein folding by protein engineering. Nature, 340(6229), 122-126.
Matouschek, A., Otzen, D. E., Itzhaki, L. S., Jackson, S. E., & Fersht, A. R. (1995).
Movement of the position of the transition state in protein folding.
Biochemistry, 34(41), 13656-13662.
Matthews, C. R. (1993). Pathways of protein folding. Annu Rev Biochem, 62, 653-683.
Maxwell, K. L., Wildes, D., Zarrine-Afsar, A., De Los Rios, M. A., Brown, A. G., Friel, C. T., et al. (2005). Protein folding: defining a "standard" set of experimental conditions and a preliminary kinetic data set of two-state proteins. Protein Sci, 14(3), 602-616.
McCallister, E. L., Alm, E., & Baker, D. (2000). Critical role of beta-hairpin formation in protein G folding. Nat Struct Biol, 7(8), 669-673.
Mello, C. C., & Barrick, D. (2004). An experimentally determined protein folding energy landscape. Proc Natl Acad Sci U S A, 101(39), 14102-14107.
Milne, J. S., Mayne, L., Roder, H., Wand, A. J., & Englander, S. W. (1998).
Determinants of protein hydrogen exchange studied in equine cytochrome c.
Protein Sci, 7(3), 739-745.
Mirny, L. A., Abkevich, V. I., & Shakhnovich, E. I. (1998). How evolution makes proteins fold quickly. Proc Natl Acad Sci U S A, 95(9), 4976-4981.
Nauli, S., Kuhlman, B., & Baker, D. (2001). Computer-based redesign of a protein folding pathway. Nat Struct Biol, 8(7), 602-605.
Oliveberg, M. (2001). Characterisation of the transition states for protein folding:
towards a new level of mechanistic detail in protein engineering analysis. Curr Opin Struct Biol, 11(1), 94-100.
Oliveberg, M., & Wolynes, P. G. (2005). The experimental survey of protein-folding energy landscapes. Q Rev Biophys, 38(3), 245-288.
Olofsson, M., Hansson, S., Hedberg, L., Logan, D. T., & Oliveberg, M. (2007).
Folding of S6 structures with divergent amino acid composition: pathway flexibility within partly overlapping foldons. J Mol Biol, 365(1), 237-248.
Onuchic, J. N., & Wolynes, P. G. (2004). Theory of protein folding. Curr Opin Struct Biol, 14(1), 70-75.
Otzen, D. E., & Fersht, A. R. (1998). Folding of circular and permuted chymotrypsin inhibitor 2: retention of the folding nucleus. Biochemistry, 37(22), 8139-8146.
Otzen, D. E., Kristensen, O., & Oliveberg, M. (2000). Designed protein tetramer zipped together with a hydrophobic Alzheimer homology: a structural clue to amyloid assembly. Proc Natl Acad Sci U S A, 97(18), 9907-9912.
Otzen, D. E., & Oliveberg, M. (1999). Salt-induced detour through compact regions of the protein folding landscape. Proc Natl Acad Sci U S A, 96(21), 11746-11751.
Otzen, D. E., & Oliveberg, M. (2002). Conformational plasticity in folding of the split beta-alpha-beta protein S6: evidence for burst-phase disruption of the native state. J Mol Biol, 317(4), 613-627.
Paci, E., Lindorff-Larsen, K., Dobson, C. M., Karplus, M., & Vendruscolo, M.
(2005). Transition state contact orders correlate with protein folding rates. J Mol Biol, 352(3), 495-500.
Panchenko, A. R., Luthey-Schulten, Z., & Wolynes, P. G. (1996). Foldons, protein structural modules, and exons. Proc Natl Acad Sci U S A, 93(5), 2008-2013.
Pedersen, T. G., Thomsen, N. K., Andersen, K. V., Madsen, J. C., & Poulsen, F. M.
(1993). Determination of the rate constants k1 and k2 of the Linderstrom-Lang model for protein amide hydrogen exchange. A study of the individual amides in hen egg-white lysozyme. J Mol Biol, 230(2), 651-660.
Plaxco, K. W., Simons, K. T., & Baker, D. (1998). Contact order, transition state placement and the refolding rates of single domain proteins. J Mol Biol, 277(4), 985-994.
Privalov, P. L., & Makhatadze, G. I. (1993). Contribution of hydration to protein folding thermodynamics. II. The entropy and Gibbs energy of hydration. J Mol Biol, 232(2), 660-679.
Ptitsyn, O. B. (1973). [Stages in the mechanism of self-organization of protein
Ptitsyn, O. B. (1973). [Stages in the mechanism of self-organization of protein