Alla levande celler och organismer, till exempel människor, är i grund och botten välreglerade system av molekyler och joner som interagerar och rea-gerar med varandra. Alla biologiska funktioner som vi eller någon annan organism behöver för att överleva bygger på de här komplexa systemen av växelverkande molekyler som har evolverat fram under fyra miljarder år. En molekyls struktur och kemiska egenskaper avgör vilka andra molekyler den kommer att binda till. Den specificiteten i bindning mellan molekyler an-vänds i celler i välreglerade händelseförlopp som leder till en biologisk funktion.
Bindningsenergier mellan proteiner och små molekyler kan både mätas biokemiskt och beräknas med datorsimuleringar av proteinstrukturer. Ener-giberäkningar kan alltså utgöra den felande länken mellan experimentella bindningsaffiniteter och strukturer av protein-ligand komplex och är viktiga för att förstå biokemiska processer och hur läkemedel fungerar. De har också fördelen att vara snabba och kostnadseffektiva och ge detaljerad information om struktur och energetik som vanligtvis inte går att få från experiment.
Det primära målet med arbetet i den här avhandlingen var att med hjälp av beräkningsmetoder förutsäga och förstå ligandbinding till ett antal farma-ceutiskt viktiga proteiner. Metoderna som användes var homologimodelle-ring för att konstruera proteinstrukturmodeller i de fall då de inte var be-stämda experimentellt, automatisk dockning för att placera ligander i bind-ningsfickor och molekyldynamiksimuleringar för att sampla termiskt till-gängliga strukturkonformationer för ett system. Med den data man samlar in under en simulering kan man beräkna fria energier mellan olika tillstånd genom att använda sig av termodynamiska cykler. LIE- och FEP-metoden användes för att beräkna fria energier.
G-proteinkopplade receptorer (GPCR’er) är en viktig grupp av membran-proteiner som medierar fysiologiska signaler från utsidan till insidan av cel-ler. Exempel på signalsubstanser är hormoner, neurotransmittorer, lipider, peptider, doftämnen och smakämnen och det finns även receptorer i ögats tappar och stavar som översätter inkommande fotoner till en kemisk signal inuti cellerna. För tre av de fem sinnena – syn, smak och lukt – går alltså den första signalen in i kroppen genom en GPCR. Ungefär 30% av alla recept-belagda läkemedel binder till en GPCR och de är väldigt intressanta för lä-kemedelsindustrin. På senare år har flera av receptorerna kunnat strukturbe-stämmas med röntgenkristallografi efter ett metodologiskt genombrott i
kris-talliseringsteknik för membranproteiner. De nya experimentella strukturerna kan användas i strukturbaserad läkemedelsdesign.
I artikel III var målet att förutsäga strukturen för en GPCR - neuropeptid Y1 receptorn - i komplex med en antagonist. Y1 receptorn är viktig för aptit-reglering och antagonister kan fungera som läkemedel mot fetma. Vi byggde en strukturmodell av komplexet och validerade den med molekyldynamik-simuleringar och FEP-beräkningar genom att reproducera bindingsdata från biokemiska experiment. Kompliciteten i problemet innebar att vi behövde utveckla ny metodik för FEP-tekniken för att kunna beräkna konvergerade relativa bindningsenergier mellan mutanter och vildtypreceptorer. Metodens robusthet och noggrannhet möjliggjorde en entydig strukturell tolkning av den tillgängliga mutagenes- och bindningsdatan. I artikeln visar vi också hur metoden kan användas för att falsifiera strukturer där liganden inte är opti-malt dockad.
Den nya metodiken möjliggör ett antal intressanta uppföljningsprojekt. För att vidare testa vårt predicerade receptor-ligand komplex har vi beräknat bindingsenergier för nya mutanter i bindningsfickan som går att verifiera med experiment. Vidare så utför vi beräkningar på en kristallstruktur av en adenosinreceptor i komplex med tre ligander. Detta är en kontrollstudie där vi vill se att vår metod reproducerar experimentella fria energier i ett fall där strukturen är känd.
I artikel I och II beskriver vi ett tvärvetenskapligt samarbetsprojekt där vi använt mutagenes, bindningsmätningar, homologimodellering och dockning för att karaktärisera binding av peptider och antagonister till neuropeptid Y2 receptorn – en homolog receptor till Y1 receptorn. Arbetet har genererat bindningsdata för flera agonister och en antogonist till sammanlagt 28 Y2-mutanter samt en hypotes för hur peptidagonisten binder till receptorn som överenstämmer kvalitativt med bindningsdatan. Vi har arbetat i en återkopp-lingsstruktur där experiment guidar modellering som i sin tur guidar nya experiment osv. Vårt arbete utgör en stor del av all mutagenes som finns för Y2 receptorn.
Jonkanaler är membranproteiner som reglerar flöde av joner över cell-membran och är därmed bland annat viktiga för att upprätthålla en aktions-potential i nerv- och hjärtceller. Kaliumjonkanalen hERG är viktig för nor-mal elektrisk aktivitet i hjärtat och funktionsnedsättningar i denna typ av kanal kan leda till livshotande arytmier.
I artikel IV var målet att förutsäga strukturen för hERG och använda mo-dellen för molekyldynamiksimuleringar och beräkningar av bindningsener-gier med LIE-metoden för en serie molekyler som blockerar kanalen. hERG kan binda väldigt många och strukturellt diversa läkemedelslika molekyler och detta kan ge upphov till hjärtflimmer. Att undvika bindning till den här jonkanalen är en mycket viktig parameter vid utveckling av nya läkemedel på grund av de allvarliga biverkningarna. Våra affinitetsberäkningar stämde
mycket bra med experimentalla värden och jonkanal-ligand komplexen kan användas vid design att nya läkemedel för att undvika bindning till hERG.
HIV-1 RT är en av de viktigaste målproteinerna i utvecklingen av läke-medel mot HIV. RT är ett enzym som kan transkribera virusets RNA till DNA, som sedan integreras i värdcellens DNA av enzymet HIV-integras. Viruset använder sedan värdcellens transkriptions- och replikationsmaskineri för att föröka sig. Viruset är särskilt farligt eftersom det angriper immuncel-ler.
I artikel V användes dockning, molekyldynamik och LIE-metoden för att förutsäga bindningskonformationer och affiniteter för en stor serie inhibito-rer till HIV-1 RT. Metoden gav väldigt god överensstämmelse mellan beräk-nade och experimentella bindningsenergier och arbetet validerar metoden som ett kraftfullt verktyg i strukturbaserad läkemedelsdesign. Den kan också lätt skalas upp för högre genomströmning av molekyler.
Integroner är mobila DNA-element som används av bakterier för att skicka genetisk material mellan varandra. Gener som kodar för antibiotikare-sistenta virusproteiner överför ofta med integroner. I artikel VI byggde vi en modell av ett integronintegras och använde den för att tolka bindningsdata från en EMSA analys.
Acknowledgements
Johan Åqvist. I have had a great time in your group! Thank you for the
sci-entific freedom and for being clever, honest and rock-solid.
All my collegues in the Åqvist group during the years. I have really enjoyed working with you and made a lot of friends! Thank you!
Martin Almlöf for seeming to understand me. Sinisa for putting me in a good mood.
Martin Nervall for lots of fun at Antalus and in Fritt fall. Stefan for your positive attitude and great smile.
Jens for being nice and making me laugh.
Martin Andér for nice company and discussions. Hugo for great collaboration and company.
Björn for your positive attitude and giving me the chance to speak
Nor-wegian.
Viktor for discussions and a great laugh. Göran for fun in Philadelphia.
Johan Sund for long collaboration and company. Yasmin for good room-sharing and discussions. Henrik for being great to talk to.
Christoffer for also putting me in a good mood. Masoud for being a warm guy.
Prio for recent room-sharing and discussions.
Collaborators in all my projects – Carolina Johansson, Lars Sundström,
Anna Stary-Weinzinger, Bert de Groot, Helena Åkerberg, Helena Fäll-mar, Bo Xu, Jasna Pruner, Ingrid Lundell, Nina Mohell and Dan Lar-hammar. Thanks for excellent work and for getting to know you!
People at Xray and ICM for lunchroom discussions and good times.
Bikupan for feeding me. Special thanks to the pizza and Thai food chef. DrLoco, Sven, Cartman, Kournikova_, Bugs, Wilander – better to have
tried and failed than to never have tried at all.
Farmor för att du med din positiva livssyn är en förebild för mig.
Pappa, Mamma, Jonas och Björn för att ni finns där för mig och alltid har
gjort det.
Leila, Tim, Ester och Alice för all kärlek och styrka som ni ger mig och för
References
1. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996,
118, 11225-11236.
2. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J. M.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
3. Marelius, J.; Kolmodin, K.; Feierberg, I.; Åqvist, J. J. Mol. Graph. Model. 1998, 16, 213-225 & 261.
4. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395-2417.
5. Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218-6226. 6. Åqvist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J. E. Protein Eng. 1994, 7, 385–391. 7. Bjelic, S.; Brandsdal, B. O.; Åqvist, J. Biochemistry 2008, 47, 10049-10057. 8. King, G.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1989, 91, 3647-3661.
9. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420-1426.
10. Brandsdal, B. O.; Österberg, F.; Almlöf, M.; Feierberg, I.; Luzhkov, V.; Åqvist, J. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 123-158.
11. Lee, F. S.; Chu, Z. T.; Bolger, M. B.; Warshel, A. Protein Eng. 1992, 5, 215-228. 12. Åqvist, J.; Hansson, T. J. Phys. Chem 1996, 100, 9512-9521.
13. Hansson, T.; Marelius, J.; Åqvist, J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1998, 12, 27-35. 14. Almlöf, M.; Carlsson, J.; Åqvist, J. J. Chem. Theory Comput 2007, 3,
2162-2175.
15. Ben-Naim, A.; Marcus, Y. J. Chem. Phys. 1984, 81, 2016-2027. 16. Abraham, M. H. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 2085-2094.
17. Carlsson, J.; Åqvist, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5385-5395.
18. Bjelic, S.; Nervall, M.; Gutiérrez-de-Terán, H.; Ersmark, K.; Hallberg, A.; Åqvist, J. Cell. Mol. Life Sci. 2007, 64, 2285-2305.
19. Andér, M.; Luzhkov, V. B.; Åqvist, J. Biophys. J. 2008, 94, 820-831.
20. Almlöf, M.; Brandsdal, B. O.; Åqvist, J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1242-1254.
21. Mishra, S. K.; Sund, J.; Åqvist, J.; Koca, J.; J. Comput. Chem. 2012, 33, 2340-2350.
22. Chothia, C.; Lesk, A. M. EMBO J. 1986, 5, 823-826.
23. Larkin, M. A.; Blackshields, G.; Brown, N. P.; Chenna, R.; McGettigan, P. A.; McWilliam, H.; Valentin, F.; Wallace, I. M.; Wilm, A.; Lopez, R.; Thompson, J. D. Gibson, T. J.; Higgins, D. G. Bioinformatics 2007, 23, 2947-2948.
24. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779-815. 25. Braun, W.; Gõ, N. J. Mol. Biol. 1985, 186, 611-626. 26. Shen, M. Y.; Sali, A. Protein Sci. 2006, 15, 2507-2524.
27. Carlsson, J.; Coleman, R. G.; Setola, V; Irwin, J. J.; Fan, H.; Schlessinger, A.; Sali, A.; Roth, B. L.; Shoichet, B. K. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 769-778.
28. Friesner, R.A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E.; Francis, P.; Shenkin, P. S. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739-1749.
29. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C. J. Mol. Biol. 1995, 245, 43-53.
30. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1997,
267, 727−748.
31. Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Hartshorn, M. J.; Murray, C. W.; Taylor, R. D.
Proteins 2003, 52, 609−623.
32. Ewing, T. J. A.; Makino, S.; Skillman, A. G.; Kuntz, I. D. J. Comput.-Aided
Mol. Des. 2001, 15, 411-428.
33. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662.
34. Huang, S. Y.; Grinter, S. Z.; Zou, X. Q. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 12899-12908.
35. Eldridge, M. D.; Murray, C. W.; Auton, T. R.; Paolini, G. V.; Mee, R. P. J.
Comput.-Aided Mol. Des. 1997, 11, 425-445.
36. Korb, O.; Stützle, T.; Exner, T. E. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 84-96. 37. Mooij, W. T. M.; Verdonk, M. L. Proteins 2005, 61, 272-287.
38. Warren, G. L.; Andrews, C. W.; Capelli, A. M.; Clarke, B.; LaLonde, J.; Lam-bert, M. H.; Lindvall, M.; Nevins, N.; Semus, S. F.; Senger, S.; Tedesco, G.; Wall, I. D.; Woolven, J. M.; Peishoff, C. E.; Head, M. S. J. Med. Chem. 2006,
49, 5912-5931.
39. Sund, J.; Andér, M.; Åqvist, J. Nature 2010, 465, 947-950. 40. Pitera, J. W.; van Gunsteren, W. F. Mol. Simul. 2002, 28, 45-65.
41. Steinbrecher, T.; Mobley, D. L.; Case, D. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 214108. 42. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; Vanschaik, R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W.
F. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529-539.
43. Overington, J. P.; Al-Lazikani, B.; Hopkins, A .L. Nat. Rev. Drug Discov. 2006,
5, 993-996.
44. Kristiansen, K. Pharmacol. Ther. 2004, 103, 21-80.
45. Katritch, V.; Cherezov, V.; Stevens, R. C. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2013, 53, 531-556.
46. Rodríguez, D.; Gutiérrez-de-Terán, H. Curr. Pharm. Des. 2013, 19, 2216-2236. 47. Zhukov, A.; Andrews, S. P.; Errey, J. C.; Robertson, N.; Tehan, B.; Mason, J.
S.; Marshall, F. H.; Weir, M.; Congreve, M. J. Med. Chem. 2011, 54, 4312-4323.
48. Ballesteros, J. A.; Weinstein, H. Methods Neurosci. 1995, 25, 366-428. 49. Brothers, S. P.; Wahlestedt, C. EMBO Mol. Med. 2010, 2, 429-439. 50. Fetissov, S. O.; Kopp, J.; Hökfelt, T. Neuropeptides 2004, 38, 175-188. 51. Zhang, L.; Bijker, M. S.; Herzog, H. Pharmacol. Ther. 2011, 131, 91-113. 52. Mayfield, R. D.; Lewohl, J. M.; Dodd, P. R.; Herlihy, A.; Liu, J. W.; Harris, R.
A. J. Neurochem. 2002, 81, 802-813.
53. Blundell, T. L.; Pitts, J. E.; Tickle, I. J.; Wood, S. P.; Wu, C. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 4175-4179.
54. Darbon, H.; Bernassau, J. M.; Deleuze, C.; Chenu, J.; Roussel, A.; Cambillau, C. Eur. J. Biochem. 1992, 209, 765-771.
55. Nygaard, R.; Nielbo, S.; Schwartz, T. W.; Poulsen, F. M. Biochemistry 2006,
45, 8350-8357.
56. Neumoin, A.; Mares, J.; Lerch-Bader, M.; Bader, R.; Zerbe, O. J. Am. Chem.
Soc. 2007, 129, 8811-8817.
57. Beck-Sickinger, A. G.; Wieland, H. A.; Wittneben, H.; Willim, K. D.; Rudolf, K.; Jung, G. Eur. J. Biochem. 1994, 225, 947-958.
58. Doods, H.; Gaida, W.; Wieland, H. A.; Dollinger, H.; Schnorrenberg, G.; Esser, F.; Engel, W.; Eberlein, W.; Rudolf, K. Eur. J. Pharmacol. 1999, 384, R3-5. 59. Fällmar, H.; Åkerberg, H.; Gutiérrez-de-Terán, H.; Lundell, I.; Mohell, N.;
Larhammar, D. Neuropeptides 2011, 45, 293-300.
60. Berglund, M. M.; Fredriksson, R.; Salaneck, E.; Larhammar, D. FEBS Lett. 2002, 518, 5-9.
61. Merten, N.; Lindner, D.; Rabe, N.; Römpler, H.; Mörl, K.; Schöneberg, T.; Beck-Sickinger, A. G. J. Biol. Chem. 2007, 282, 7543-7551.
62. Sautel, M.; Martinez, R.; Munoz, M.; Peitsch, M. C.; Beck-Sickinger, A. G.; Walker, P. Mol. Cell Endocrinol. 1995, 112, 215-222.
63. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739–745.
64. Cherezov, V.; Rosenbaum, D. M.; Hanson, M. A.; Rasmussen, S. G.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Choi, H. J.; Kuhn, P.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K.; Stevens, R. C. Science 2007, 318, 1258–1265.
65. Rasmussen, S. G.; Choi, H. J.; Rosenbaum, D. M.; Kobilka, T. S.; Thian, F. S.; Edwards, P. C.; Burghammer, M.; Ratnala, V. R.; Sanishvili, R.; Fischetti, R. F.; Schertler, G. F.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K. Nature 2007, 450, 383–387. 66. Jaakola, V. P.; Griffith, M. T.; Hanson, M. A.; Cherezov, V.; Chien, E. Y. T.;
Lane, J. R.; Ijzerman, A. P.; Stevens, R. C. Science 2008, 322, 1211-1217. 67. Venkatakrishnan, A. J.; Deupi, X.; Lebon, G.; Tate, C. G.; Schertler, G. F.;
Babu, M. M. Nature 2013, 494, 185−194.
68. Mirzadegan, T.; Benko, G.; Filipek, S.; Palczewski, K. Biochemistry 2003, 42, 2759-2767.
69. White, J. F.; Noinaj, N.; Shibata, Y.; Love, J.; Kloss, B.; Xu, F.; Gvozdenovic-Jeremic, J.; Shah, P.; Shiloach, J.; Tate, C. G.; Grisshammer, R. Nature 2012,
490, 508-513.
70. Fredriksson, R.; Lagerström, M. C.; Lundin, L. G.; Schiöth, H. B. Mol.
Phar-macol. 2003, 63, 1256-1272.
71. Rasmussen, S. G.; Choi, H. J.; Fung, J. J.; Pardon, E.; Casarosa, P.; Chae, P. S.; Devree, B. T.; Rosenbaum, D. M.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Schnapp, A.; Konetzki, I.; Sunahara, R. K.; Gellman, S. H.; Pautsch, A.; Steyaert, J.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K. Nature 2011, 469, 175-180.
72. Xu, F.; Wu, H.; Katritch, V.; Han, G. W.; Jacobson, K. A.; Gao, Z. G.; Chere-zov, V.; Stevens, R. C. Science 2011, 332, 322-327.
73. Park, J. H.; Scheerer, P.; Hofmann, K. P.; Choe, H. W.; Ernst, O. P. Nature 2008, 454, 183-187.
74. Hofmann, S.; Frank, R.; Hey-Hawkins, E.; Beck-Sickinger, A. G.; Schmidt, P.
Neuropeptides 2013, 47, 59-66.
75. Doods, H. N.; Wieland, H. A.; Engel, W.; Eberlein, W.; Willim, K. D.; Entze-roth, M.; Wienen, W.; Rudolf, K. Regul. Pept. 1996, 65, 71-77.
76. Sautel, M.; Rudolf, K.; Wittneben, H.; Herzog, H.; Martinez, R.; Munoz, M.; Eberlein, W.; Engel, W.; Walker, P.; Beck-Sickinger, A. G. Mol. Pharmacol. 1996, 50, 285-292.
77. Sjödin, P.; Holmberg, S. K. S.; Åkerberg, H.; Berglund, M. M.; Mohell, N.; Larhammar, D. Biochem. J. 2006, 393, 161-169.
78. Aiglstorfer, I.; Uffrecht, A.; Gessele, K.; Moser, C.; Schuster, A.; Merz, S.; Malawska, B.; Bernhardt, G.; Dove, S.; Buschauer, A. Regul. Pept. 1998,
75-76, 9-21.
79. Aiglstorfer, I.; Hendrich, I.; Moser, C.; Bernhardt, G.; Dove, S.; Buschauer, A.
80. Weiss, S.; Keller, M.; Bernhardt, G.; Buschauer, A.; König, B. Bioorg. Med.
Chem. 2008, 16, 9858-9866.
81. Keller, M.; Pop, N.; Hutzler, C.; Beck-Sickinger, A. G.; Bernhardt, G.; Bu-schauer, A. J. Med. Chem. 2008, 51, 8168-8172.
82. Weiss, S.; Keller, M.; Bernhardt, G.; Buschauer, A.; König, B. Bioorg. Med.
Chem. 2010, 18, 6292-6304.
83. Sanguinetti, M. C.; Tristini-Firouzi, M. Nature 2006, 440, 463-469.
84. Pollard, C. E.; Abi Gerges, N.; Bridgland-Taylor M. H.; Easter, A.; Hammond, T. G.; Valentin, J.-P. Br. J. Pharmacol. 2010, 159, 12–21.
85. Jamieson, C.; Moir, E. M.; Rankovic, Z.; Wishart, G. J. Med. Chem. 2006, 49, 5029 –5046.
86. Cavalli, A.; Poluzzi, E.; De Ponti, F.; Recanatini, M. J. Med. Chem. 2003, 45, 3844-3853.
87. Kamiya, K.; Niwa, R.; Mitcheson, J. S.; Sanguinetti, M. C. Mol. Pharmacol. 2006, 69, 1709–1716.
88. Kamiya, K.; Niwa, R.; Morishima,M.; Honjo, H.; Sanguinetti, M. C. J.
Phar-macol. Sci. 2008, 108, 301–307.
89. Jiang, Y. X.; Lee, A.; Chen, J. Y.; Ruta, V.; Cadene, M.; Chait, B. T.; MacKin-non, R. Nature 2003, 423, 33–41.
90. Stansfeld, P. J.; Gedeck, P.; Gosling, M.; Cox, B.; Mitcheson, J. S.; Sutcliffe, M. J. Proteins 2007, 68, 568–580.
91. Tseng, G. N.; Sonawane, K. D.; Korolkova, Y. V.; Zhang, M.; Liu, J.; Grishin, E. V.; Guy, H. R. Biophys. J. 2007, 92, 3524–3540.
92. Österberg, F.; Åqvist, J. FEBS Lett. 2005, 579, 2939–2944.
93. Farid, R.; Day, T.; Friesner, R. A.; Pearlstein, R. A. Bioorg. Med. Chem. 2006,
14, 3160–3173.
94. Ju, P. C.; Pages, G.; Riek, R. P.; Chen, P. C.; Chen, P. C.; Torres, A. M.; Ban-sal, P. S.; Kuyucak, S.; Kuchel, P. W.; Vandenberg, J. I. J. Biol. Chem. 2009,
284, 1000–1008.
95. Pearlstein, R. A.; Vaz, R. J.; Kang, J. S.; Chen, X. L.; Preobrazhenskaya, M.; Shchekotikhin, A. E.; Korolev, A. M.; Lysenkova, L. N.; Miroshnikova, O. V.; Hendrix, J.; Rampe, D. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 1829–1835.
96. Zhou, M.; Morais-Cabral, J. H.; Mann, S.; MacKinnon, R. Nature 2001, 411, 657–661.
97. Esnouf, R.; Ren, J. S.; Ross, C.; Jones, Y.; Stammers, D.; Stuart, D. Nat. Struct.
Biol. 1995, 2, 303–308.
98. De Clercq, E. Antiviral Res. 1998, 38, 153–179. 99. De Clercq, E. J. Med. Chem. 2005, 48, 1297–1313. 100. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 724-733.
101. Benjahad, A.; Croisy, M.; Monneret, C.; Bisagni, E.; Mabire, D.; Coupa, S.; Poncelet, A.; Csoka, I.; Guillemont, J.; Meyer, C.; Andries, K.; Pauwels, R.; de Bethune, M. P.; Himmel, D. M.; Das, K.; Arnold, E.; Nguyen, C. H.; Grierson, D. S. J. Med. Chem. 2005, 48, 1948–1964.
102. Himmel, D. M.; Das, K.; Clark, A. D.; Hughes, S. H.; Benjahad, A.; Oumouch, S.; Guillemont, J.; Coupa, S.; Poncelet, A.; Csoka, I.; Meyer, C.; Andries, K.; Nguyen, C. H.; Grierson, D. S.; Arnold, E. J. Med. Chem. 2005, 48, 7582–7591. 103. MacDonald, D.; Demarre, G.; Bouvier, M.; Mazel, D.; Gopaul, D. N. Nature
2006, 440, 1157–1162.
104. Stokes, H. W.; Hall, R. M. Mol. Microbiol. 1989, 3, 1669–1683.
105. Cambray, G.; Guerout, A. M.; Mazel, D. Annu. Rev. Genet. 2010, 44, 141-166. 106. Schwede, T.; Kopp, J.; Guex, N.; Peitsch, M. C. Nucleic Acids Res. 2003, 31,