Bakterier utgör en stor del av allt liv på jorden, och de lever i alla tänkbara miljöer. Vissa bakterier kan leva i många olika miljöer, men de flesta har en särskild miljö, en nisch, där de trivs bäst. Den nischen kan vara inne i en annan organism, och ibland till och med i värdorganismens celler. I våra kroppar lever en mängd olika bakterier, en del är nödvändiga för att vi ska må bra, andra påverkar oss inte alls, och vissa gör oss sjuka.
En bakteries egenskaper bestäms av vilka gener den har. Den totala mängden gener i en organism utgör dess genom. Bakterier förökar sig ge-nom celldelning, där varje ny cell blir en exakt kopia av moderscellen. Till skillnad från vid sexuell reproduktion så sker det alltså inget naturligt utbyte av gener i varje generation hos bakterier. Det händer dock då och då att en bakterie inkorporerar nya gener i sitt genom, vilket kallas en horisontell gen-överföring.
En horisontell genöverföring kan ibland göra så att bakterien kan leva i en annorlunda nisch än tidigare, t.ex. kan en bakterie som tidigare levde fritt i jord eller vatten istället anpassa sig till att leva i ett värddjur. Ett sådant byte av livsstil är ofta associerat med stora förändringar i genomet, gener som tidigare var nödvändiga blir plötsligt överflödiga, och istället behövs nya gener för att interagera med värden. Att leva i en värd innebär också att man måste undvika att bli upptäckt och oskadliggjord av värdens immunförsvar.
Den grupp av bakterier som den här avhandlingen handlar om, Bartonel-la, har genomgått just ett sådant byte av livsstil. Från att ha varit frilevande i jorden har den utvecklats till att leva i röda blodkroppar. Bartonella finns i nästan alla däggdjur, t.ex. människor, katter, hundar, möss, älgar, fladder-möss, valar och kängurur. De sprids mellan värddjur med hjälp av blod-sugande insekter, t.ex. löss och loppor. Det finns några sjukdomsframkallan-de (patogena) Bartonella-arter, men sjukdomsframkallan-de flesta orsakar ingen sjukdom hos värddjuret.
Syftet med det här arbetet var att öka förståelsen för hur Bartonella an-passade sig till att leva i olika värddjur, och vilka förändringar i genomet livsstilsbytet medförde. Genom att studera genomen hos olika Bartonella-arter, och jämföra med genomen hos de frilevande släktingarna kan vi försö-ka räkna ut hur förfadern till dagens Bartonella-arter såg ut, och vilförsö-ka gener som möjliggjorde livsstilsbytet. Precis som man kan vänta sig, så har vi sett att många av de gener som är inblandade i interaktioner med värdceller har
överförts horisontellt till Bartonella. Något man däremot kanske inte hade väntat sig, är att de arter som orsakar sjukdom inte har några särskilda pato-genicitetsgener, som saknas i de andra arterna. Istället har de arter som lever i vilda möss och råttor utan att orsaka sjukdom de största genomen, med flest kopior av de gener som är inblandade i interaktioner med värden. Detta visar att patogenicitet är ett väldigt komplext fenomen, som inte alltid kan härle-das till särskilda gener.
Vi har också upptäckt en särskild sorts fag (ett virus som infekterar bakte-rier) i Bartonella, som packar in slumpmässiga bitar av bakteriens genom istället för att som vanliga fager packa in sitt eget genom. En sådan fag, en genöverföringsfag, kan bidra till horisontella överföringar, eftersom när den infekterar en ny bakterie tar den med sig en liten bit av genomet från sin förra värd.
I de flesta bakterier replikeras (dupliceras) hela genomet en gång innan celldelningen, och sedan inte mer förrän det är dags för nästa celldelning, men i Bartonella replikeras en särskild del av genomet även när det inte är celldelning på gång. Det här gör att det finns mer av den delen av genomet i cellen, och den kommer därför att packas in oftare av genöverföringsfagen. Det här speciella systemet för ökat utbyte av en viss del av genomet har ald-rig observerats tidigare i andra bakterier.
Att byta ut gener eller delar av gener kan vara både bra och dåligt för en bakterie. De flesta gener har haft lång tid på sig att optimera sin funktion; de fungerar därför bra som de är och nästan alla förändringar gör dem sämre. Men för vissa gener, t.ex. sådana som är involverade i interaktioner med en värdcell kan förändring vara positivt. Förändring av en gen som hjälper till att binda till en värdcell kan t.ex. göra att bakterien kan infektera en lite an-norlunda typ av celler än tidigare. Snabba förändringar av vissa gener kan också minska risken att bli upptäckt av värdens immunförsvar.
Intressant nog innehåller den del av Bartonella-genomen som replikeras extra och oftare packas av genöverföringsfagen många av de gener som är inblandade i interaktioner med värden. Det verkar alltså som om Bartonella har utvecklat ett särskilt system för att inte bara byta ut gener, utan även byta ut ”rätt” gener. Våra resultat tyder på att det här systemet har haft en stor betydelse för Bartonellas utveckling och evolutionära framgång. Trots att bakterier är asexuella så har de alltså otroligt raffinerade metoder för genut-byte, och till skillnad från oss så kan de kanske till och med styra vilka gener som ska bytas ut.
Acknowledgements
Siv, du är en otroligt inspirerande handledare, tack för att du alltid har trott på mig, och för enormt mycket stöd, uppmuntran och entusiasm. Carolin, tack för all hjälp när jag var ny, för att du lärde mig att ta varje tillfälle i akt att fira och för din positiva inställning; hade jag insett att det skulle ta fyra år till att få ihop genomet så hade jag förmodligen tappat modet. Björn N, utan dig hade de här åren varit så oändligt mycket tråkigare, tack för allt kul, för en massa hjälp med allt möjligt, och för att du förmodligen har kommit på alla svaren nu - Fredrik, tack för din hjälteinsats i fag-projektet, tränings-motivation, och för att du har insett värdet av en kvalitets-discokula. Ann-Sofie och Kristina, ni gör ett fantastiskt jobb, utan er vore det inga genom. Håkan, tack för hjälp med datorer och andra elektronikprojekt, för att jag fick en andra chans i skytte och för att du alltid är rolig att prata med. Micke, tack för hjälp med fylogenier och sånt, för bacon-banan grilltipset (det är en av mina favoriter!) och insikten om hur man öppnar en flaska champagne. Thanks Alexandra for all the annotation work, and for saving me in freezing Paris (who said Paris is best in spring?), Olga för fagprepparna, Hillevi för all hjälp med arrayerna och Kirsten för att du tog hit det magiska amplifie-ringskitet. Lionel, thanks for help with R in moments of despair, and good luck to you, Kasia and Christina with all those new genomes! Tack Karin O för hjälp med biljetter och för att du har koll på allt, Rolf, Otto, Robert och Jan för inspiration i samband med undervisning, kloka kommentarer på journal club, och för att ni delar med er av era livsvisdomar, Ola för hjälp med bilder och livräddning på macen, Lisa för ditt ständigt goda humör och för att du alltid har några kloka ord och en bra referens till hands, Johan för hjälp med perl, Ann-Christin för din proteinexpertis och Erik för att du såg till att jag kunde genomföra mina sista hybridiseringar. Flera gånger faktiskt. Tack Hans-Henrik för att du gärna hittar på saker, och får mig på bra hu-mör, Björn B för stöd i lägenhetsjakten och intressanta diskussioner om allting, Jonas för mångkampen, Jennifer for teaching me about the subjunc-tive and Thijs for the Lucia-performance. Thanks Xie for all the hard work with those alignments, and Marcel, Anna and Christian, it was a pleasure working with you. Alexander, Alistair, Erica, Ester, Feifei, Gustav, Joakim, Karin E, Laura, Maria, Mats, Petter, Sara, Sofi, Wagied, Yu and all other former and present members of Molevol, you have all contrib-uted to make my time here a really great experience.
Even with a great work place, it’s nice to get away from time to time, thanks to all the nice people in the Europathogenomics network, I really enjoyed meeting you on courses and conferences throughout Europe.
Tack också Hanna, jättekul att du kommer tillbaka, fast Amsterdam kommer inte vara detsamma utan dig, Kristina, det är tryggt att veta att du alltid kan gräva fram en passande klänning när min egen garderob till även-tyrs inte räcker till, Anna Ofelia för glitter och äventyr, är det inte dags för rosa mousserande och veckorevyn snart igen?, Christina för road-trippen, Calle och Fredrik för en massa kul när jag flyttade till Uppsala, och alla andra vänner för att ni fyller mitt liv med roliga upplevelser.
Mina lagkamrater i Zarathustra och alla andra bridgevänner, tack för roliga träningsläger, resor, fester och tävlingar. Särskilt tack till Oskar för kaffet (det går förresten att skriva en avhandling utan kaffe!) och guidningen i Lille och Peter för mycket kul, all den goda maten och för att du kan hjälpa till med nästan allt; vare sig det gäller elektronmikroskopi, fågelutkastning eller schyssta restauranger i Paris.
Tack Mamma och Pappa för stöd och hjälp genom åren, och för att ni alltid är intresserade av vad det är jag gör, Ida för tapas, teater och resor, och helgerna i Näsviken med dig och Kristoffer, och Sissi för alla mysiga testunder hos dig, skoshopping och mintkladdkakan – den är nästan världs-berömd nu! Barbro, Bosse, Inga Lill, Fredrik, Mats och Åsa, tack för alla trevliga middagar och utflykter.
Magnus, tack för hjälp med bilder och allt möjligt, för att du tar med mig på äventyr som jag inte visste att jag ville, men framförallt för att du finns i mitt liv och gör mig glad varje dag.
References
Abbot, P., A.E. Aviles, L. Eller, and L.A. Durden. 2007. Mixed infections, cryptic diversity, and vector-borne pathogens: evidence from Polygenis fleas and Bartonella species. Appl Environ Microbiol 73: 6045-6052. Achaz, G., E. Coissac, P. Netter, and E.P. Rocha. 2003. Associations
be-tween inverted repeats and the structural evolution of bacterial genomes. Genetics 164: 1279-1289.
Achtman, M. 2008. Evolution, population structure, and phylogeography of genetically monomorphic bacterial pathogens. Annu Rev Microbiol 62: 53-70.
Achtman, M., K. Zurth, G. Morelli, G. Torrea, A. Guiyoule, and E. Carniel. 1999. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis. Proc Natl Acad Sci U S A 96: 14043-14048.
Adelson, M.E., R.V. Rao, R.C. Tilton, K. Cabets, E. Eskow, L. Fein, J.L. Occi, and E. Mordechai. 2004. Prevalence of Borrelia burgdorferi, Bar-tonella spp., Babesia microti, and Anaplasma phagocytophila in Ixodes scapularis ticks collected in Northern New Jersey. J Clin Microbiol 42: 2799-2801.
Alsmark, C.M., A.C. Frank, E.O. Karlberg, B.A. Legault, D.H. Ardell, B. Canback, A.S. Eriksson, A.K. Naslund, S.A. Handley, M. Huvet, B. La Scola, M. Holmberg, and S.G. Andersson. 2004. The louse-borne human pathogen Bartonella quintana is a genomic derivative of the zoonotic agent Bartonella henselae. Proc Natl Acad Sci U S A 101: 9716-9721. Anderson, B., C. Goldsmith, A. Johnson, I. Padmalayam, and B. Baumstark.
1994. Bacteriophage-like particle of Rochalimaea henselae. Mol Micro-biol 13: 67-73.
Anderson, L.M. and K.F. Bott. 1985. DNA packaging by the Bacillus sub-tilis defective bacteriophage PBSX. J Virol 54: 773-780.
Andersson, D.I., E.S. Slechta, and J.R. Roth. 1998. Evidence that gene am-plification underlies adaptive mutability of the bacterial lac operon. Sci-ence 282: 1133-1135.
Andersson, J.O. and S.G. Andersson. 1999. Genome degradation is an ongo-ing process in Rickettsia. Mol Biol Evol 16: 1178-1191.
Arvand, M., E.J. Feil, M. Giladi, H.J. Boulouis, and J. Viezens. 2007. Multi-locus sequence typing of Bartonella henselae isolates from three
conti-nents reveals hypervirulent and feline-associated clones. PLoS ONE 2: e1346.
Asadulghani, M., Y. Ogura, T. Ooka, T. Itoh, A. Sawaguchi, A. Iguchi, K. Nakayama, and T. Hayashi. 2009. The defective prophage pool of Es-cherichia coli O157: prophage-prophage interactions potentiate horizon-tal transfer of virulence determinants. PLoS Pathog 5: e1000408. Backert, S. and M. Selbach. 2008. Role of type IV secretion in Helicobacter
pylori pathogenesis. Cell Microbiol 10: 1573-1581.
Bajer, A., A. Pawelczyk, J.M. Behnke, F.S. Gilbert, and E. Sinski. 2001. Factors affecting the component community structure of haemoparasites in bank voles (Clethrionomys glareolus) from the Mazury Lake District region of Poland. Parasitology 122 Pt 1: 43-54.
Barbian, K.D. and M.F. Minnick. 2000. A bacteriophage-like particle from Bartonella bacilliformis. Microbiology 146 (Pt 3): 599-609.
Bass, J.W., J.M. Vincent, and D.A. Person. 1997. The expanding spectrum of Bartonella infections: I. Bartonellosis and trench fever. Pediatr Infect Dis J 16: 2-10.
Batterman, H.J., J.A. Peek, J.S. Loutit, S. Falkow, and L.S. Tompkins. 1995. Bartonella henselae and Bartonella quintana adherence to and entry into cultured human epithelial cells. Infect Immun 63: 4553-4556.
Bermond, D., H.J. Boulouis, R. Heller, G. Van Laere, H. Monteil, B.B. Chomel, A. Sander, C. Dehio, and Y. Piemont. 2002. Bartonella bovis Bermond et al. sp. nov. and Bartonella capreoli sp. nov., isolated from European ruminants. Int J Syst Evol Microbiol 52: 383-390.
Bertani, G. 1999. Transduction-like gene transfer in the methanogen Methanococcus voltae. J Bacteriol 181: 2992-3002.
Billeter, S.A., M.G. Levy, B.B. Chomel, and E.B. Breitschwerdt. 2008. Vec-tor transmission of Bartonella species with emphasis on the potential for tick transmission. Med Vet Entomol 22: 1-15.
Birtles, R.J., T.G. Harrison, and D.H. Molyneux. 1994. Grahamella in small woodland mammals in the U.K.: isolation, prevalence and host specific-ity. Ann Trop Med Parasitol 88: 317-327.
Birtles, R.J., T.G. Harrison, N.A. Saunders, and D.H. Molyneux. 1995. Pro-posals to unify the genera Grahamella and Bartonella, with descriptions of Bartonella talpae comb. nov., Bartonella peromysci comb. nov., and three new species, Bartonella grahamii sp. nov., Bartonella taylorii sp. nov., and Bartonella doshiae sp. nov. Int J Syst Bacteriol 45: 1-8.
Birtles, R.J. and D. Raoult. 1996. Comparison of partial citrate synthase gene (gltA) sequences for phylogenetic analysis of Bartonella species. Int J Syst Bacteriol 46: 891-897.
Boulouis, H.J., C.C. Chang, J.B. Henn, R.W. Kasten, and B.B. Chomel. 2005. Factors associated with the rapid emergence of zoonotic Bar-tonella infections. Vet Res 36: 383-410.
Bown, K.J., M. Bennet, and M. Begon. 2004. Flea-borne Bartonella grahamii and Bartonella taylorii in bank voles. Emerg Infect Dis 10: 684-687. Brumpt, E. 1911. Notes sur le parasite des hematies de la taupe: Grahamella
Buckling, A., R. Craig Maclean, M.A. Brockhurst, and N. Colegrave. 2009. The Beagle in a bottle. Nature 457: 824-829.
Casjens, S. 2003. Prophages and bacterial genomics: what have we learned so far? Mol Microbiol 49: 277-300.
Casjens, S.R. 2005. Comparative genomics and evolution of the tailed-bacteriophages. Curr Opin Microbiol 8: 451-458.
Chamberlin, J., L.W. Laughlin, S. Romero, N. Solorzano, S. Gordon, R.G. Andre, P. Pachas, H. Friedman, C. Ponce, and D. Watts. 2002. Epidemi-ology of endemic Bartonella bacilliformis: a prospective cohort study in a Peruvian mountain valley community. J Infect Dis 186: 983-990. Chang, C.C., B.B. Chomel, R.W. Kasten, R.M. Heller, H. Ueno, K.
Yama-moto, V.C. Bleich, B.M. Pierce, B.J. Gonzales, P.K. Swift, W.M. Boyce, S.S. Jang, H.J. Boulouis, Y. Piemont, G.M. Rossolini, M.L. Riccio, G. Cornaglia, L. Pagani, C. Lagatolla, L. Selan, and R. Fontana. 2000. Bar-tonella spp. isolated from wild and domestic ruminants in North Amer-ica. Emerg Infect Dis 6: 306-311.
Chenoweth, M.R., G.A. Somerville, D.C. Krause, K.L. O'Reilly, and F.C. Gherardini. 2004. Growth characteristics of Bartonella henselae in a novel liquid medium: primary isolation, growth-phase-dependent phage induction, and metabolic studies. Appl Environ Microbiol 70: 656-663. Cole, S.T., K. Eiglmeier, J. Parkhill, K.D. James, N.R. Thomson, P.R.
Wheeler, N. Honore, T. Garnier, C. Churcher, D. Harris, K. Mungall, D. Basham, D. Brown, T. Chillingworth, R. Connor, R.M. Davies, K. Dev-lin, S. Duthoy, T. Feltwell, A. Fraser, N. HamDev-lin, S. Holroyd, T. Hornsby, K. Jagels, C. Lacroix, J. Maclean, S. Moule, L. Murphy, K. Oliver, M.A. Quail, M.A. Rajandream, K.M. Rutherford, S. Rutter, K. Seeger, S. Simon, M. Simmonds, J. Skelton, R. Squares, S. Squares, K. Stevens, K. Taylor, S. Whitehead, J.R. Woodward, and B.G. Barrell. 2001. Massive gene decay in the leprosy bacillus. Nature 409: 1007-1011.
Concannon, R., K. Wynn-Owen, V.R. Simpson, and R.J. Birtles. 2005. Mo-lecular characterization of haemoparasites infecting bats (Microchirop-tera) in Cornwall, UK. Parasitology 131: 489-496.
Cotter, S.E., N.K. Surana, and J.W. St Geme, 3rd. 2005. Trimeric autotrans-porters: a distinct subfamily of autotransporter proteins. Trends Micro-biol 13: 199-205.
Darwin, C. 1859. On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life. John
Murray.
de Queiroz, K. 2005. Ernst Mayr and the modern concept of species. Proc Natl Acad Sci U S A 102 Suppl 1: 6600-6607.
Dehio, C., C. Lanz, R. Pohl, P. Behrens, D. Bermond, Y. Piemont, K. Pelz, and A. Sander. 2001. Bartonella schoenbuchii sp. nov., isolated from the blood of wild roe deer. Int J Syst Evol Microbiol 51: 1557-1565.
Dehio, C., U. Sauder, and R. Hiestand. 2004. Isolation of Bartonella schoen-buchensis from Lipoptena cervi, a blood-sucking arthropod causing deer ked dermatitis. J Clin Microbiol 42: 5320-5323.
Dorrell, N., S.J. Hinchliffe, and B.W. Wren. 2005. Comparative phyloge-nomics of pathogenic bacteria by microarray analysis. Curr Opin Micro-biol 8: 620-626.
Ehlers, J. and P.L. Gibbard. 2007. The extent and chronology of Cenozoic Global Glaciation. Quaternary International 164-165: 6-20.
Eremeeva, M.E., H.L. Gerns, S.L. Lydy, J.S. Goo, E.T. Ryan, S.S. Mathew, M.J. Ferraro, J.M. Holden, W.L. Nicholson, G.A. Dasch, and J.E. Koehler. 2007. Bacteremia, fever, and splenomegaly caused by a newly recognized bartonella species. N Engl J Med 356: 2381-2387.
Filloux, A., A. Hachani, and S. Bleves. 2008. The bacterial type VI secretion machine: yet another player for protein transport across membranes. Mi-crobiology 154: 1570-1583.
Fleischmann, R.D., M.D. Adams, O. White, R.A. Clayton, E.F. Kirkness, A.R. Kerlavage, C.J. Bult, J.F. Tomb, B.A. Dougherty, J.M. Merrick, and et al. 1995. Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science 269: 496-512.
Foucault, C., B. La Scola, H. Lindroos, S.G. Andersson, and D. Raoult. 2005. Multispacer typing technique for sequence-based typing of Bar-tonella quintana. J Clin Microbiol 43: 41-48.
Fournier, P.E., C. Taylor, J.M. Rolain, L. Barrassi, G. Smith, and D. Raoult. 2007. Bartonella australis sp. nov. from kangaroos, Australia. Emerg In-fect Dis 13: 1961-1962.
Fournier, P.E., Y. Zhu, H. Ogata, and D. Raoult. 2004. Use of highly vari-able intergenic spacer sequences for multispacer typing of Rickettsia conorii strains. J Clin Microbiol 42: 5757-5766.
Frank, A.C., C.M. Alsmark, M. Thollesson, and S.G. Andersson. 2005. Functional divergence and horizontal transfer of type IV secretion sys-tems. Mol Biol Evol 22: 1325-1336.
Frye, J.G., S. Porwollik, F. Blackmer, P. Cheng, and M. McClelland. 2005. Host gene expression changes and DNA amplification during temperate phage induction. J Bacteriol 187: 1485-1492.
Gordon, S.V., D. Bottai, R. Simeone, T.P. Stinear, and R. Brosch. 2009. Pathogenicity in the tubercle bacillus: molecular and evolutionary de-terminants. Bioessays 31: 378-388.
Graham-Smith, G.S. 1905. A new form of parasite found in the red blood corpuscles of moles. J. Hyg. 5: 453-459.
Gundi, V.A., C. Taylor, D. Raoult, and B. La Scola. 2009. Bartonella rat-taustraliani sp. nov., Bartonella queenslandensis sp. nov. and Bartonella coopersplainsensis sp. nov., from Australian rats. Int J Syst Evol Micro-biol.
Hacker, J. and E. Carniel. 2001. Ecological fitness, genomic islands and bacterial pathogenicity. A Darwinian view of the evolution of microbes. EMBO Rep 2: 376-381.
Hacker, J. and J.B. Kaper. 2000. Pathogenicity islands and the evolution of microbes. Annu Rev Microbiol 54: 641-679.
Hacker, J., M. Ott, G. Blum, R. Marre, J. Heesemann, H. Tschape, and W. Goebel. 1992. Genetics of Escherichia coli uropathogenicity: analysis of the O6:K15:H31 isolate 536. Zentralbl Bakteriol 276: 165-175.
Hamilton, H.L. and J.P. Dillard. 2006. Natural transformation of Neisseria gonorrhoeae: from DNA donation to homologous recombination. Mol Microbiol 59: 376-385.
Hamilton, H.L., N.M. Dominguez, K.J. Schwartz, K.T. Hackett, and J.P. Dillard. 2005. Neisseria gonorrhoeae secretes chromosomal DNA via a novel type IV secretion system. Mol Microbiol 55: 1704-1721.
Harms, C.A., R.G. Maggi, E.B. Breitschwerdt, C.L. Clemons-Chevis, M. Solangi, D.S. Rotstein, P.A. Fair, L.J. Hansen, A.A. Hohn, G.N. Lovewell, W.A. McLellan, D.A. Pabst, T.K. Rowles, L.H. Schwacke, F.I. Townsend, and R.S. Wells. 2008. Bartonella species detection in captive, stranded and free-ranging cetaceans. Vet Res 39: 59.
Heller, R., M. Kubina, P. Mariet, P. Riegel, G. Delacour, C. Dehio, F. La-marque, R. Kasten, H.J. Boulouis, H. Monteil, B. Chomel, and Y. Piemont. 1999. Bartonella alsatica sp. nov., a new Bartonella species isolated from the blood of wild rabbits. Int J Syst Bacteriol 49 Pt 1: 283-288.
Hendrix, L.R. 2000. Contact-dependent hemolytic activity distinct from deforming activity of Bartonella bacilliformis. FEMS Microbiol Lett 182: 119-124.
Hewitt, G. 2000. The genetic legacy of the Quaternary ice ages. Nature 405: 907-913.
Hofreuter, D., S. Odenbreit, and R. Haas. 2001. Natural transformation com-petence in Helicobacter pylori is mediated by the basic components of a type IV secretion system. Mol Microbiol 41: 379-391.
Horner-Devine, M.C., K.M. Carney, and B.J. Bohannan. 2004. An ecological perspective on bacterial biodiversity. Proc Biol Sci 271: 113-122. Hsieh, J.W., K.C. Tung, W.C. Chen, J.W. Lin, L.J. Chien, Y.M. Hsu, H.C.
Wang, B.B. Chomel, and C.C. Chang. 2009. Epidemiology of Bartonella Infection in Rodents and Shrews in Taiwan. Zoonoses Public Health. Huber, C.A., M.T. Ruf, G. Pluschke, and M. Kaser. 2008. Independent loss
of immunogenic proteins in Mycobacterium ulcerans suggests immune evasion. Clin Vaccine Immunol 15: 598-606.
Inoue, K., H. Kabeya, M.Y. Kosoy, Y. Bai, G. Smirnov, D. McColl, H. Art-sob, and S. Maruyama. 2009. Evolutional and geographical relationships of Bartonella grahamii isolates from wild rodents by multi-locus se-quencing analysis. Microb Ecol 57: 534-541.
Inoue, K., S. Maruyama, H. Kabeya, N. Yamada, N. Ohashi, Y. Sato, M. Yukawa, T. Masuzawa, F. Kawamori, T. Kadosaka, N. Takada, H. Fu-jita, and H. Kawabata. 2008. Prevalence and genetic diversity of Bar-tonella species isolated from wild rodents in Japan. Appl Environ Micro-biol 74: 5086-5092.
Iredell, J., D. Blanckenberg, M. Arvand, S. Grauling, E.J. Feil, and R.J. Bir-tles. 2003. Characterization of the natural population of Bartonella
henselae by multilocus sequence typing. J Clin Microbiol 41: 5071-5079.
Jardine, C., G. Appleyard, M.Y. Kosoy, D. McColl, M. Chirino-Trejo, G. Wobeser, and F.A. Leighton. 2005. Rodent-associated Bartonella in Saskatchewan, Canada. Vector Borne Zoonotic Dis 5: 402-409. Jettmar, H.M. 1932. Studien über blutparasiten ostasiatischer wilder
nagetiere. Zeitschrift für Parasitenkunde 4: 254-285.
Jones, K.E., N.G. Patel, M.A. Levy, A. Storeygard, D. Balk, J.L. Gittleman, and P. Daszak. 2008. Global trends in emerging infectious diseases.