Direktiv för diagnostik av SARS-CoV-2

Innehållsansvarig Britt Åkerlind, David Ekqvist, Lena

Serrander Version Vers 8 - publicerat

210211 Godkänd/beslutad Britt Åkerlind, Martin Magnusson Dokumenttyp Direktiv

Giltig t o m Tillsvidare Ersätter Version 7

Direktiv för diagnostik av SARS-CoV-2

Innehåll

Direktiv för diagnostik av SARS-CoV-2 ... 2

Rutin För PCR-provtagning ... 2

Patienter i behov av inneliggande vård, inklusive barn ... 2

Boenden inom särskilt boende eller i ordinärt boende med kommunal hemsjukvård (SÄBO/hemsjukvård/LSS) ... 2

Personal inom sjukvård och omsorg (Region Östergötland, kommuner och privata utförare) ... 3

Allmän provtagning ... 4

Kompletterande riktlinjer för provtagning avseende covid-19 med PCR test samt antikroppstestning .. 4

Patienter som uppvisar symptom förenliga med covid-19 ... 4

Patienter som kommer i kontakt med vården av andra skäl än symptom förenliga med covid-19 ... 5

Provtagning av utlandsresenärer för identifiering av extra smittsam variant av SARS- CoV-2 (reviderad 210205) ... 6

Beskrivning av analysförfarande för SARS-CoV-2 ... 8

Akutflöde ... 8

Ordinarie stordriftsflöde (personal, ej akuta patientprover, medborgare) ... 8

Transport av Covid-19 prov lö, sö och helgdagar ... 10

Vägledning för tolkning av analysresultat ... 11

Vägledning om provtagning efter vaccination ... 12

Direktiv för diagnostik av SARS-CoV-2

Generell information

 Personer med symtom ska erbjudas provtagning.

 Patienter (vuxna) som läggs in via akutmottagningarna ska provtas oavsett symtom.

 Patienter på sjukhus, där medicinskt ansvarig bedömer det indicerat, kan provtas oavsett symtom. Även patienter som skall föras vidare till annan vårdgivare kan om det bedöms indicerat, provtas.

 Screening skall inte tillämpas, men en generös provtagning utefter behov.

 Patienter behöver ej provtas med PCR om:

o Verifierad COVID-19 infektion med PCR senaste 6 månaderna o Påvisade SARS-CoV-2-antikroppar senaste 6 månaderna

Rutin För PCR-provtagning

Patienter i behov av inneliggande vård, inklusive barn

• Medicinskt ansvarig enhet hanterar provsvar och ansvarar för att förmedla förhållningsregler enligt Smittskyddslagen samt smittspårar.

• Om patienten är ansluten till kommunal vård och omsorg ska SÄBO/hemsjukvård/LSS informeras via Cosmic Link vid positivt provsvar.

Boenden inom särskilt boende eller i ordinärt boende med kommunal hemsjukvård (SÄBO/hemsjukvård/LSS)

Alla med symtom ska erbjudas provtagning. Dock eftersträvas provtagning dagtid vardagar så långt som möjligt. Boende med symtom ska hanteras som misstänkt smittad i väntan på provtagning och provsvar.

Måndag-fredag

• Vårdcentral kontaktas för ordination av prov.

• Provtagning utförs av särskilt utbildad kommunanställd vårdpersonal.

• Material (provtagningskit, etiketter) hämtas på ansvarig vårdcentral.

• Transport av prov sker enligt ordinarie rutin för provtagning.

• Primärvårdsläkare ansvarar för att förmedla provsvar och vid positivt resultat lämna förhållningsregler enligt Smittskyddslagen samt ansvarar för smittspårning enligt särskild rutin.

Helg/Jourtid

• Vid ett första misstänkt fall, dvs den först insjuknade brukaren/patienten inom separat enhet på SÄBO samt brukare: kontakt tas med primärvårdsjour för ställningstagande om provtagning ska ske under helg eller nästkommande vardag.

• Provtagning utförs av särskilt utbildad kommunanställd vårdpersonal.

• Provtagningsmaterial kan hämtas vardagar på vårdcentral för att förvaras inom

hemsjukvården/SÄBO. Uppstår en bristsituation under helgen kan provtagningskit hämtas dagtid på respektive jourcentral i länet.

• Inlämning av prov följer den vanliga rutinen för prover under helg.

• Kommunsjuksköterska SÄBO kontaktar primärvårdsjour nästföljande dag och efterhör provsvar.

• Primärvårdsjour ansvarar för att vid positivt resultat lämna förhållningsregler enligt Smittskyddslagen. Ordinarie primärvårdsläkare ansvarar för smittspårning enligt särskild rutin.

Boende med hemtjänst (hemtjänsttagare utan hemsjukvård)

Hemtjänsttagare som uppvisar symtom ska hanteras som misstänkt smittad i väntan på eventuell provtagning och provsvar.

Måndag-fredag

• Hemtjänsttagare med mildare symtom ska i första hand kontakta sin vårdcentral för provtagning.

• Hemtjänsttagare som inte själv kan ta kontakt med eller ta sig till sin vårdcentral provtas av kommunen. Vårdcentralen kontaktas (via arbetsledning i berörd omsorgsverksamhet) via vårdtill-vårdnummer för beställning av prov.

• Primärvårdsläkare ansvarar för att förmedla provsvar samt att vid positivt svar lämna förhållningsregler enligt Smittskyddslagen och smittspåra enligt särskild rutin.

• Samtycke till utlämnande av provsvar till arbetsledning i berörd verksamhet (omsorg) inhämtas i samband med att provtagningsbehovet identifieras. Uppgifter om inhämtat samtycke förmedlas till vårdcentralen som dokumenterar detta i patientjournalen.

• För hemtjänsttagare med svårare symtom/sjukdom ska kontakt tas med vårdcentral, 1177 eller SOS Alarm på sedvanligt sätt (gäller även helg/jourtid).

Personal inom sjukvård och omsorg (Region Östergötland, kommuner och privata utförare)

Måndag-söndag

 Provtagning rekommenderas vid milda symptom.

 I första hand via www.1177.se och e-tjänsten "Personalprovtagning covid-19 (Östergötland)”.

o Tid bokas i webbtidbok efter inloggning.

o Provtagning utförs i första hand i de upprättade provtagningsenheterna på US, LiM och ViN, information ges på www.1177.se

o Provtagningsenheterna är öppna dagtid alla dagar i veckan, för exakta tider se respektive webbtidbok.

o Förhållningsregler enligt Smittskyddslagen, information om egen smittspårning samt hur svaret ska tolkas lämnas vid provtagning och erhålles i samband med bokning på www.1177.se

o Provsvaren förmedlas digitalt efter beställning i e-tjänsten direkt när analysen är klar.

Provsvar efter bokning via vårdcentral förmedlas via www.1177.se-journalen via nätet.

 I andra hand sker bokning genom att maila till funktionsbrevlåda:

personalprovtagning@regionostergotland.se, denna tjänst är endast till för de som saknar e- legitimation eller av andra skäl ej kan genomföra bokning via www.1177.se då

funktionsbrevlådan är ett långsammare alternativ.

 Funktionsbrevlådans enda syfte är att boka provtagning. Allmänna frågor, klagomål eller synpunkter kommer inte att hanteras via detta system och kommer inte heller att besvaras.

o Närmaste chef bedömer om provtagning ska ske och fyller därefter i e-formulär för provtagning som skickas till personalprovtagning@regionostergotland.se

o Tid bokas och meddelas berörd personal via sms.

o Provsvar meddelas via sms.

• Personal med svårare symtom/sjukdom som kräver medicinsk bedömning kontaktar vården som vanligt.

Allmän provtagning

Provtagning erbjuds alla medborgare som är 13 år och äldre.

 Prov bokas via www.1177.se, provsvar förmedlas via www.1177.se, smittspårning påbörjas för var och en som blir positiv och sker sedan fortsättningsvis via smittspårningsenheten.

 I vissa fall kan provtagning ske efter kontakt med vårdcentralen.

Kompletterande riktlinjer för provtagning avseende covid-19 med PCR test samt antikroppstestning

Bakgrund/ingångsvärden

Efter genomgången laboratorieverifierad infektion med covid-19 betraktas en person immun mot reinfektion under minst 6 månader efter genomgången infektion och kan således inte heller smitta någon annan under denna period efter tillfrisknande.

Likaså betraktas en individ immun minst 6 månader efter att provtagning visat positivt resultat för antikroppar mot SARS-CoV-2 med metod som utförts av klinisk mikrobiologi Region Östergötland (RÖ). Det finns många aktörer som utför antikroppstester där kvaliteten på analyserna varierar, både mellan olika fabrikat av tester men också mellan olika uppsättningar ”batcher” av samma test. Tidigt under pandemin användes i RÖ PCR-metoder där tolkning av resultaten innebär att det finns en ökad risk för falskt positiva svar. I denna grupp, provtagna innan 200412 föreligger en högre risk att ett positivt provsvar varit falskt positivt.

Om stöd behövs kring bedömning avseende provtagning rekommenderas kontakt med infektionskonsult/specialist i infektionsmedicin.

Patienter som uppvisar symptom förenliga med covid-19 Patient som är provtagen positivt med PCR:

- Betraktas som immun 6 månader efter provtagningstillfället. Behöver ej provtas på nytt för PCR analys inom denna tid och riskerar ej att smitta andra med covid-19. Om mer än 6 månader passerat rekommenderas förnyad provtagning för PCR-analys och patienten betraktas som möjligt smittsam.

- Provtagning avseende antikroppar mot SARS-CoV-2 för att fastställa immunitet bör utföras.

Även om antikroppssvaret är negativt bedöms patienten primärt som immun enligt ovanstående.

Patient som är provtagen avseende antikroppar mot SARS-CoV-2 där analysen genomförts av klinisk mikrobiologi RÖ och där analysen visar IgG antikroppar påvisade.

- Betraktas som immun 6 månader efter det senaste provet som gett resultatet IgG-antikroppar påvisade.

Patient som är provtagen avseende antikroppar alternativt PCR för SARS-CoV-2 där analysen genomförts av annat laboratorium än klinisk mikrobiologi RÖ.

- Oavsett resultat kan inga slutsatser dras avseende eventuell immunitet. Patienten provtas för PCR-analys och betraktas som möjligt smittsam.

-

Patienter som kommer i kontakt med vården av andra skäl än symptom förenliga med covid-19

Patient som uppger en anamnes talande för tidigare genomgången covid-19 men som inte verifierats med PCR och som ej provtagits avseende IgG antikroppar mot SARS- CoV-2.

- Provtagning avseende antikroppar mot SARS-CoV-2 för att fastställa immunitet bör utföras.

Patient som är provtagen avseende antikroppar mot SARS-CoV-2 där analysen genomförts av annat laboratorium än klinisk mikrobiologi RÖ och där denna analys påvisat antikroppar mot SARS-CoV-2

- Provtagning avseende antikroppar mot SARS-CoV-2 för att fastställa immunitet bör utföras.

Tillägg:

Immunbrist

Ovan nämnda riktlinje gäller för patienter där normalt immunsvar mot infektion kan förväntas.

Patienter med pågående behandling som nedsätter immunförsvaret, förvärvad- eller medfödd immunbrist bör i regel diskuteras med specialist i infektionssjukdomar för stöd i bedömningen.

Exempel på tillstånd eller behandling som innebär risk för sämre immunsvar är:

- Pågående behandling med systemiska glukokortikoider i dos som motsvarar minst 10 mg prednisolon per dygn.

- Pågående eller tidigare behandling med vissa immunsupprimerande läkemedel tex rituximab.

- Primär immunbrist med verifierat nedsatt T- och/eller B-cellsfunktion.

- Pågående cytostatikabehandling med påverkan på T- och/eller B-cellsfunktion vid tiden för COVID-19 infektion.

- Bakomliggande hematologisk sjukdom med påverkan på immunförsvarets funktion.

Provtagning av utlandsresenärer för identifiering av extra smittsam variant av SARS- CoV-2 (reviderad 210205)

Bakgrund: I flera länder har nya varianter av viruset som orsakar covid-19 fått stor spridning.

Den nya varianten är mer smittsam och ger samma sjukdomsbild, vilket riskerar att öka trycket ytterligare på vården och samhället Därför rekommenderar Folkhälsomyndigheten att du som reser in i Sverige, undviker nära kontakter och testar dig för covid-19.

Testa dig efter ankomst till Sverige

Testa dig snarast efter att du kommit till Sverige samt på den femte dagen efter utresa från det landet du lämnat. Har det gått mer än fem dagar sedan du kom från landet är det viktigt att du testar dig ändå. Om du nyligen har testat positivt för antikroppar ska du ändå testa dig efter inresa från landet. Rekommendationen att testa sig gäller barn i förskoleklass och uppåt, men inte yngre barn. Testning ska ske även om man är vaccinerad (gäller både dos ett och/eller två).

Det är viktigt att provtagningen inte bokas via 1177.se utan sker efter kontakt med vården. Detta för att dessa prover lätt ska kunna hittas.

Folkhälsomyndigheten uppmanar inresande till Sverige att stanna hemma minst sju dagar efter ankomstdatum och undvika kontakt med andra så långt det går. Det är särskilt viktigt att personal inom vård och omsorg följer uppmaningen. Planera därför för att stanna hemma efter inresa till Sverige. Man har inte rätt att söka smittbärarpeng för dessa 7 dagar.

Arbetspendling

Arbetspendlare till länder utanför Sverige bör vara noga med att följa Folkhälsomyndighetens råd och rekommendationer, men omfattas inte av rekommendationen ovan att helt stanna hemma i väntan på provsvar. Arbetspendlare ska testa sig en gång/vecka. De som bor i samma hushåll som den som arbetspendlar behöver inte undvika att träffa andra, men bör som alla följa övriga råd och rekommendationer.

Instruktionen gäller alla länder.

Syfte: Att identifiera eventuellt mer smittsamma stammar genom att provta personer som kan ha tagit hem dem från andra länder.

Tillvägagångssätt:

1. Personer som detta stämmer in på kontaktar en vårdcentral (dagtid, vardagar).

2. Vårdcentralen bokar in tid för provtagning och meddelar personen tiden

3. Texten ”Utlandsresenär” och datum för ankomst till Sverige antecknas i kliniska uppgifter i ROS.

4. Provet tas som vanligt enligt gängse rutiner.

5. Om ankomst till Sverige har skett nyligen bokas ev ännu en tid för provtagning 5 dagar efter ankomst till Sverige.

6. Vid positivt provsvar kontaktas smittspårningsenheten om att provsvaret rör en resenär från annat land. Smittspårningsenheten påbörjar då smittspårning.

Versionsändring V2: Tillägg att det, förutom Storbritannien, även gäller Sydafrikaresenärer

Versionsändring V3: Tillägg att det, förutom Storbritannien och Sydafrika, även gäller Brasilien och Norge. Direktivet är dessutom omformulerat.

Versionsändring V4: Nya riktlinjer för att rekommendation gäller samtliga länder. Direktivet innehåller även ny information.

Beskrivning av analysförfarande för SARS-CoV-2

Alla våra PCR-analyser har hög känslighet.

Akutflöde

Snabb-PCR (Genexpert) är vår känsligaste metod och kan ta alla provmaterial. Tillgången är

begränsad. Mediantid till svar ca 2 tim. Bör användas endast i de fall man behöver en mycket känslig metod och eller andra provmaterial än nasofarynx-pinn-provtagning (svårt immunsupprimerade patienter, där provtagning med nasofarynxpinne inte kan/bör ske, t.ex. intensivvårdsavdelningar) Mini-PCR (Credo) är vårt nya tillskott och är nästan lika känslig som ovan och lite känsligare än vår långsamma PCR. Mediantid till svar 1 timma. Tillgången är mindre begränsande, men provtagning måste göras med speciella rör.

Båda analyserna utförs på 24/7-lab (LMS) på alla sjukhus dygnet runt.

• Snabb-PCR (Genexpert) OBS! kalla det inte snabbtest!

– Utförs på LMS på alla sjukhus (fd klin kem) – På grund av global reagensbrist begränsad tillgång – Analyserar ett prov i taget

– Svar efter 1-3h (median 2h)

– Provet kan sparas för andra analyser (tex sekvensering)

• Mini-PCR (Vita/Credo)

– Utförs på LMS på alla sjukhus (fd klin kem) – Analyserar ett prov i taget

– Särskilt provrör krävs

– Vid analys sker en intern kontroll i instrumentet (humana celler), om provet är felaktigt taget kommer inget resultat kunna erhållas.

– Svar efter 1-3h (median 1h)

– Provet kan inte sparas för andra analyser (tex sekvensering)

Ordinarie stordriftsflöde (personal, ej akuta patientprover, medborgare)

• Ordinarie PCR (m2000)

– Gamla klamydiainstrument – Analyserar 96 prover per körning – Svar efter 1-3 dagar (median 15h)

• Ordinarie PCR för patienter (Alinity m)

– Random access, dvs man kan ladda på prover kontinuerligt medan maskinen går

– Används till patientprover som inte kan få Snabb-PCR – Svar efter 1-3 dagar (median kring 6h)

• Ordinarie kompletterande PCR (Amplidiag) – Tas i bruk inom kort

– Analyserar 48 prover per körning

– Vid analys sker en intern kontroll i instrumentet (humana celler), om provet är felaktigt taget kommer inget resultat kunna erhållas.

– Svar efter 1-3 dagar (median troligen kring 6h)

 Svaret kommer ut i ROS direkt när analysen är avslutad. Det går inte att få ett snabbare svar genom att ringa till Klinisk mikrobiologi. Klinisk mikrobiologis molekylärsektion är bemannad 7-22, men har mycket begränsad möjlighet att svara i telefonen och det går inte att leta bland prover för att ändra beställningar/prioriteringar.

 En del prover innehåller segt slem som kan bilda klumpar i maskinen och analysen kan då ej utföras. Oftast kan provet ändå analyseras efter en eller två omkörningar men det är en vanlig förklaring till längre svarstid.

 OBS! Ta bort pinnen ur röret innan det tillsluts.

 Antikroppstester utförs på samma instrument som smittester och tar ca 1-2 dagar att få svar på.

Följ provtagningsanvisningarna - Webbsortiment

Transport av Covid-19 prov lö, sö och helgdagar

Provtagning som sker lördag, söndag och helgdagar på SÄBO enligt provtagningsdirektivet behöver transporteras till laboratoriet. Den vanliga rutinen för inlämning av provtagningsmaterial följs.

Kommunpersonal transporterar provtagningsmaterialet till närmsta provtagningsinlämning.

Mikrobiologiska prov kan lämnas dygnet runt vid Klinisk kemi Universitetssjukhuset Linköping (US), Vrinnevisjukhuset i Norrköping (VIN) och Lasarettet i Motala (LIM).

Linköping, Klinisk kemi US hämtas prov vardagar kl. 08.10, 11.30, 14.30 och 16.10. Lördag, söndag och helgdag kl. 09.00 och 12.00.

Transporter till klinisk mikrobiologi avgår från VIN och LIM.

Norrköping, VIN vardagar: kl. 07.15, 12.00, 15,35. Lördag, söndag och helgdagar kl. 10.30

Motala, LIM vardagar: kl. 09,20, 14,50. Lördag, söndag och helgdagar kl.12.00

Kommunsjuksköterska i ytterkommunerna kan rekvirera taxi. Vårdcentralen betalar kostnaden under förutsättning att Region Östergötlands blankett för Taxirekvisition används och beställning av taxi görs till Taxibil Östergötland AB.

Ring aktuellt telefonnummer. Vid beställningen uppges vårdcentralens centrumenhets-nummer (3 siffror) och organisationsenhets-nummer (5 siffror).

Kopia på beställningsunderlaget lämnas nästkommande vardag till vårdcentralen. Märk underlaget Covid-19.

Centrala länsdelarna 013-14 60 00, Västra länsdelarna 0141- 555 55, Östra länsdelarna 011-100 100.

Taxibil beställs till det SÄBO där provet/proven ska hämtas till mottagare Klinisk mikrobiologi Universitetssjukhuset Linköping ingång 64, plan 10. Provet förpackas i transportförpackning enligt den rutin som finns inom respektive kommun. Mikrobiologen har öppet lördag, söndag och helgdagar kl. 8.00-15.00. Det är under denna tid som prov kan lämnas.

Vägledning för tolkning av analysresultat

Med utökad provtagning av patienter på covid-19 kan resultat av analyserna ibland medföra

svårigheter att tolka resultaten. Nedan ges exempel på olika utfall och föreslagen bedömning av dessa.

Anamnes och klinisk bedömning måste alltid tas i beaktande vid bedömning av analysresultat. Beakta särskilt om det finns andra sjuka i omgivningen och tidsaspekter på sjukdomsdebut och tidigare sjukdomsepisod. Re-infektion är mycket ovanligt hos immunfriska.

Denna vägledning är avsedd som ett stöd i bedömningen, vid tveksamhet eller svårigheter att tolka den sammantagna bilden av patientens kliniska tillstånd, anamnes och analysresultat rekommenderas kontakt med infektionsspecialist för stöd i bedömningen.

Svar på PCR för SARS-COV-2 graderas efter hur stark signal som ses i provet. Detta ger en indikation kring hur smittsam patienten är. Indelningen görs i kategorierna: starkt positiv, positiv och svagt positiv. Efter genomgången infektion kan en svag positivitet kvarstå under lång tid men detta innebär inte att patienten är smittsam. En patient som haft PCR-verifierad covid-19 de senaste 6 månaderna ska i regel ej testas på nytt med PCR inom denna period.

Nedan ges exempel på utfall:

Symtom förenliga med covid- 19

PCR-resultat SARS-CoV-2 IgG

(”covid-

antikroppar”)

Tolkning Smittsam

Ja alt nej Starkt positiv alt.Positiv

Negativ Aktuell infektion alt nyligen genomgången infektion

Ja

Ja alt nej Starkt positiv alt.Positiv

Positiv Aktuell/nyligen

genomgången infektion Fördjupad bedömning krävs. Beakta datum för symptomdebut.

Ja alt nej Svagt positiv Positiv Genomgången infektion Nej

Ja Negativ Negativ Klinisk bedömning krävs Kan vara smittsam, fördjupad bedömning krävs.

Nej Negativ Negativ Ej covid-19 Nej

Ja alt nej Negativ Positiv Genomgången infektion Nej

Vägledning om provtagning efter vaccination

Generell information

Vaccination mot covid-19 bedöms ge ett >90% skydd 1 vecka efter andra dosen. Ett visst skydd erhålles redan efter 1 dosen.

 Den vaccinerade som blir sjuk kan ha smittats före vaccination och befinna sig i inkubationsfas (vanligen 5-7 dagar) vid tiden för vaccination, d.v.s. har blivit smittad innan och ska då

betraktas som icke-immun och provtas som vanligt.

 För personer som får symtom mellan vaccinationsdoser och inom en vecka efter sista dosen, bör provtagning ske som vanligt.

 För personer som insjuknar mer än en vecka efter sista dos, bör provtagning ske efter medicinsk bedömning, där man får beakta andra virusinfektioner.

 Vaccinationsgenombrott, d.v.s. infektion trots full vaccination förekommer i undantagsfall vid alla vaccinationer. Infektioner vid vaccinationsgenombrott för andra virus (tex mässling) är generellt mildare och orsakar sällan sekundärfall (mindre smittsamma).

 Vaccinationen mot covid-19 i sig innebär ingen risk för att PCR-resultatet ska bli positivt. De regioner i SARS-CoV-2 som används vid vaccination, används inte för PCR-detektion.