Figur 29-30 visar att den möjliga FNR-genen kodar för ett protein som inducerar uttrycket från 189 bp sekvensen till 2.8 ggr basaluttrycket under anaeroba förhållanden, och att -10 elementet behövs fullt uttryck som ytterligare styrker att det endast finns en promotor för hela systemet. Figur 31 visar att den proteinet ifrån I. dechloratans kunde ta över E.coil's FNR's roll under anaerob
respiration med NaNO3. Resultatet visar tydligt att cellerna med den möjliga FNR-genen överlever under anaeroba förhållanden medans de som saknar FNR dör. Detta visar att I. dechloratans FNR mycket möjligt kan ta över E.coli's FNR's roll under dessa förhållanden. Vilket är resonligt eftersom genen genen tidigare identifierats vara en FNR homolog ifrån E.coli [15].
Inom kloratklustret finns inte någon FNR-gen. Ändå behövs det ett FNR för uppreglering utav cld och överlevnad under anaeroba förhållanden. Den möjliga FNR-genen i I. dechloratans antas nu, med dessa resultat som grund, ta rollen som anaerob inducerare utav cld och potentiellt andra gener också som är involverade i anaerob metabolism.
Celltillväxt
Resultatet i figur 15 och 16 visar att det inte är någon skillnad i tillväxt för XL1-BLUE celler med endast bakgrundsplasmiden mot celler med inligerat 189 bp under anaeroba förhållanden. Cellerna når en stationär fas vid OD 0.43 vilket är något som skiljer sig ifrån likadana aerobt odlade celler som når stationär fas vid OD 1.2. Någon aerob tillväxtkurva gjordes inte utav den anledningen att det redan fanns en för XL1-BLUE celler. Den kurvan tyckte jag stämde ganska bra överens med hur mina XL1-BLUE celler växte när jag odlade upp dem aerobt. Det fanns också en anaerob
tillväxtkurva, men den stämde betydligt sämre överens mot resultaten jag observerade för cellernas tillväxt anaerobt. Därför gjorde jag en ny. Cellerna växte både snabbare och till ett större antal enligt den gamla anaeroba tillväxtkurvan emot vad jag observerade för mina celler. Detta tror jag beror på att cellerna som jag använde under arbetet, även fast de var av samma variant XL1-BLUE, och kom från samma leverantör, så var det ett oöppnat paket med helt nylevererade celler som jag använde. Det kan ha varit så att en förändring gjorts i de nya cellerna som skiljer dem ifrån de tidigare beställda celler. Ibland görs mindre förändringar i varor över tid som inte nämns för konsumenten.
Klyvning av plasmid
Både klyvningen av plasmid pBBR1-MCS4-LacZ i del I och pBBR1-MCS2-LacZ i del II såg ut att ha fungerat bra. Tittar man på figurerna 10 och 20 ser man tydligt en skillnad i vandringslängd mellan kluven och okluven plasmid. Anledningen till att man ser två band för okluven plasmid i figur 20 beror på att cirkulärt DNA kan befinna sig i relaxerat eller tvinnad form. Dessa former rör sig olika fort i gelen beroende på att rörelsemotståndet är olika för varje form. Det viktiga är att den linjära plasmiden inte innehåller någon av formerna i det okluvna materialet. Därför indikerar figur 20 att klyvningen är fullständig när man ser att den kluvna plasmiden inte innehåller någon av formerna som den okluvna plasmiden gör. I figur 10 syns också att klyvningen är fullständig. Stegen som använts består av linjära DNA-fragment av olika längder och kan jämföras direkt med en kluven, linjär plasmid. Man ser i båda figurerna att den kluvna plasmiden ligger mitt emellan 11501 bp och 5077 bp fragmenten i stegen vilket inte här konstigt eftersom större fragment rör sig långsammare än korta. Plasmiderna pBBR1-MCS4-LacZ i figur 10 och pBBR1-MCS2-LacZ i figur 20 är av storleken 8040 bp respektive 8234 bp och bör därför vandra snabbare än 11501 bp men långsammare än 5077 bp i stegen, vilket de gör samtidigt som de alltid vandrat lika långt i kluven form. Anledningen till att mycket av plasmiden släpade efter i figur 20 beror troligtvis på att brunnarna var överladdade med med material.
PCR
PCR-reaktionerna utfördes totalt tre gånger under del I och II. Två gånger i del I för att få gott om material och en gång i större mängd under del II eftersom jag bättre visste hur mycket jag behövde då. I figur 11 syns den första reaktionen en liten skillnad i vandringslängd mellan 189 bp och 172 bp fragmentet under brunn 1 och 3 kan observeras. Båda ligger mellan 150 bp och 200 bp banden i stegen samtidigt som 172 bp bandet ligger lite lägre än 189 bp fragmentet vilket är en indikation på att produkter av förväntad längd bildats och att primrarna bundit till de avsedda sekvenserna. I figur 12 syns inte detta lika tydligt, produkterna har vandrat ungefär lika långt. Men banden ligger mellan 150 bp och 200 bp i stegen vilket ger en liten indikation på att produkterna konstruerats som
önskats. Ingen kontaminering av negativa kontroller syns, varken under brunn 6 och 7 i figur 11 eller under brunn 8 och 9 i figur 12. Den tredje PCR reaktionen som gjordes i del II och syns i figur 21 ger liknande resultat som tidigare. Alla band ligger mellan 150 bp och 200 bp banden på stegen. Banden under brunnarna 1-4 till vänster om stegen är 189 bp fragmentet och brunnarna 6-9 till höger om den är 172 bp fragmenten. Det är lite variation i vandringssträckan för banden som är ungefär samma för alla och ger därför inte ett övertygande resultat på att rätt produkter konstruerats. Däremot har det negativa kontrollerna kontaminerats där kontamineringen troligtvis kommer från antingen genomiskt Ideonella DNA eller från plasmiden pBBR1MCS-4-lacZ_cldprom. I det här fallet hade inte en kontaminering med genomiskt DNA från I. dechloratans eller plasmiden pBBR1MCS-4-lacZ_cldprom inte någon betydelse eftersom syftet med PCR-körningen var att amplifiera sekvenser från just detta DNA.