Hur väl känner ni er egen släkt? Uppgiften går ut på att undersöka vår gemensamma
evolutionshistoria. Genom att använda en databas där forskare lägger upp genetisk information om alla organismer kan ni nu själva hitta vår plats i livets träd.
Vi använder genen atp6 i den här övningen. Den sitter i det genetiska material som finns i
mitokondrien, cellens energifabrik. Atp6 kodar för ett enzym som katalyserar nedbrytningen av ATP till ADP, själva grunden till den energi som alla organismer behöver för att kalla sig levande. Eftersom den kodar för en grundläggande funktion är genen bra att använda vid jämförelser mellan organismer.
Lär känna din släkt
www.biotopia.nu
Bilden visar forskaren Vanessa Woods med en ung bonobo under fältarbete. Foto: Vanessa Woods, Duke University
Gör så här:
Varje grupp får en uppgift. Alla grupper arbetar med evolutionära träd. Ni skapar själva era egna träd genom att välja ut ett antal lämpliga arter. Efter det att ni lös uppgiften ska ni berätta för era klasskamrater vad ni kommit fram till med en enkel presentation.
Ta fram DNA-sekvenser
1. Leta reda på de latinska namnen på de organismer du vill jämföra. Ta med en organism som inte är lika närbesläktad, tex mus. Ta med den som din ”utgrupp”.
2. Öppna webbsidan GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
3. Välj ”gene” i menyn till vänster om sökfältet (3a). Vi använder oss av genen atp6. Sök efter en organism i taget genom att skriva både ”atp6” och artnamnet på latin, t ex ”atp6 Homo sapiens” (3b).
4. Om du kommer till en lista, välj en passande post. Alternativt kommer du direkt till den enda posten som finns.
5. En bit ner står det ”Genomic regions, transcripts, and products”. Till höger står det ”Go to nucleotide” och ”FASTA”. Tryck på ”FASTA”.
3a
3b
5
www.biotopia.nu
6. Markera sekvensen inklusive första raden som börjar med (”>”). Klistra in sekvensen i anteckningar.
Jämför den genetiska informationen
1. Gå till dina sekvenser i anteckningar. Förkorta alla namn på sekvenserna, t ex”>Homo_sapiens_atp6”. 2. Öppna sidan http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
3. Klistra in dina DNA-sekvenser i fältet under ” STEP 1 - Enter your input sequences”. 7. Gå vidare till nästa organism.
5. Välj ”guide tree” i övre menyn .
6. Kopiera trädfilen och klistra in i anteckningar.
Rita upp träd
1. Öppna sidan ”interactive tree of life” http://itol.embl.de/ 2. Tryck på “data upload” i övre menyn.
3. Klistra in ditt träd i rutan ”paste or type the tree”.
4. När trädet är uppladdat dyker den markerade länken ”main display page” upp, tryck på den.
5. Nu ska ditt träd ritas upp, men du behöver ändra på några saker för att få det förståeligt. I övre delen, ändra från ”circular” till linear. Uppdatera trädet. Om du vill använda en utgrupp, klicka i så fall på den och markera ”re-root tree here”. Uppdatera.
6. Exportera ditt träd genom att trycka på ”export tree”. Du kan spara ditt träd i tex. PDF format.
